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• add_root() : RNAstruct.h
• alifold() : alifold.h
• aliLfold() : Lfold.h
• alimake_pair_table() : structure_utils.h
• alipbacktrack() : alifold.h
• alipf_circ_fold() : alifold.h
• alipf_fold() : alifold.h
• alipf_fold_par() : alifold.h
• aliPS_color_aln() : plot_aln.h
• alloc_sequence_arrays() : aln_util.h
• assign_plist_from_db() : structure_utils.h
• assign_plist_from_pr() : structure_utils.h
• vrna_alifold() : alifold.h
• vrna_alloc() : utils.h
• vrna_aln_mpi() : aln_util.h
• vrna_aln_pinfo() : aln_util.h