RNAlib-2.0.2
H/params.h
Go to the documentation of this file.
00001 #ifndef __VIENNA_RNA_PACKAGE_PARAMS_H__
00002 #define __VIENNA_RNA_PACKAGE_PARAMS_H__
00003 
00004 #include "energy_const.h"
00005 #include "data_structures.h"
00006 
00012 extern paramT *scale_parameters(void);
00013 
00014 extern paramT *copy_parameters(void);
00015 
00016 extern paramT *set_parameters(paramT *dest);
00017 
00018 
00019 pf_paramT *scale_pf_parameters(void);
00020 
00027 pf_paramT *get_scaled_pf_parameters(void);
00028 
00051 pf_paramT *get_boltzmann_factors( int dangle_model,
00052                                   double temperature,
00053                                   double alpha,
00054                                   double pf_scale);
00055 
00056 pf_paramT *get_boltzmann_factor_copy(pf_paramT *parameters);
00057 
00058 pf_paramT *get_scaled_alipf_parameters(unsigned int n_seq);
00059 
00060 extern pf_paramT *copy_pf_param(void);
00061 
00062 extern pf_paramT *set_pf_param(paramT *dest);
00063 
00064 #endif