Structure #17190
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr1 |
Strand | + |
Position | 157,924,073 - 157,924,202 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, dog, mouse, rat |
Mean pairwise identity | 84 |
Columns | 130 |
Mean single MFE | -60 |
Consensus MFE | -51.9 |
Combinations/base pair | 45 / 39 = 1.15 |
SCI | 0.86 |
z-score | -1.48 |
RNA class probability | 0.630632 |
This structure is part of cluster 7144
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 130 Columns: 130 Strand: + Mean pairwise identity: 84.00 Mean single sequence MFE: -60.00 Consensus MFE: -51.90 Energy contribution: -52.96 Covariance contribution: 1.06 Mean z-score: -1.48 Structure conservation index: 0.86 SVM decision value: 0.20 SVM RNA-class probability: 0.630632 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr1/157924073-157924202 UGUCGGGGCCUGGGUUUCACCGUCGCACAUGGCGGCAGCACGCGGUGAGCUGAGGCCCCCGGAGGCUCUUGCGCGCCGAAUUUCACCCGCGGCCACGGCCAAAACCGGGGGUGAUUUUCAACCAACGCC ....(((((((.((((.(((((((((.....))))).(....))))))))).))))))).((.(((........)))(((..((((((.(((............))).))))))..)))..))...... ( -61.80) >canFam1.chr6/40575893-40576020 UGUCGGGGCCUGGGUUUCACCUCUCCACAAGGACCAGUGGGCGGUGAGCUGAGGCCCCCGGUGGCUCUGGGCGCCGAAUCUCACCCGCGGCCACGGGCAGGGCCGCAGGUGAUUUUCAACCAACGCC ....(((((((.((((.((((.(.((((........))))).)))))))).))))))).((((.(....).))))(((..(((((.((((((.(.....))))))).)))))..))).......... ( -67.50) >mm5.chr17/23317119-23317247 UGUAGGGGCCUGGGUUUCACCCUCCCACACCGGGGCAGCGGGCGGUGAGCUGAGGCCUCUGUGGCUCUGGGCGCCGAAUCUCACCCCCGGCUACAAGCCAAAGCCGAGGGUGAUUUUCAACGAACGCC ..(((((((((.((((.((((..(((.....)))((.....)))))))))).))))))))).(((...(..((..(((..((((((.(((((.........))))).))))))..)))..))..)))) ( -58.70) >rn3.chr10/13974921-13975049 UGUAGGGGCCUGGGUUUCACCCUCCCACACUGGGGCAGCAGGGGGUGAGCUGAGGCCUCUGUGGCUCUGGGCGCCGAUUCUCAACCCCGGCCACAGGCCAAAGCCGAGGAUGAUUUUCAACGAACGCC ..(((((((((.((((.(((((((((.....))).......)))))))))).)))))))))((((.(((.(.((((...........))))).)))))))....((..((......))..))...... ( -52.01) >consensus UGUAGGGGCCUGGGUUUCACCCUCCCACACAGGGGCAGCAGGCGGUGAGCUGAGGCCCCCGG_GGCUC_UGGGCGCCGAAUCUCACCCCCGGCCAC_GGCCAAAGCCGAGGGUGAUUUUCAACCAACGCC ..(((((((((.((((.(((((((((.....))).......)))))))))).)))))))))..(((........)))(((..((((((.(((((.........))))).))))))..))).......... (-51.90 = -52.96 + 1.06)