Structure #3208

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr22
Strand	+
Position	41,335,747 - 41,335,900
Number of sequences	6
Organisms	human, dog, mouse, rat, chicken, zebrafish, fugu
Mean pairwise identity	80.37
Columns	165
Mean single MFE	-59.8
Consensus MFE	-46.07
Combinations/base pair	50 / 38 = 1.32
SCI	0.77
z-score	-2.46
RNA class probability	0.944329

This structure is part of cluster 65420

Alignment

[Download Clustal]

RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 6
 Slice: 1 to 165
 Columns: 165
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  80.37
 Mean single sequence MFE: -59.80
 Consensus MFE: -46.07
 Energy contribution: -43.99
 Covariance contribution:  -2.07
 Mean z-score:  -2.46
 Structure conservation index:   0.77
 SVM decision value:   1.32
 SVM RNA-class probability: 0.944329
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr22/41335747-41335900
AUGCCUUAAACUUAUGAGUAAGGAAAAUAACGAUUCGGGGUGACGCCCGAAUCCUCACUGCUAAUGUGAGACGAAUUUUUGAGCGGGUAAAGGUCGCCCUCAAGGUGACCCGCCUACUUUGCGGGAUGCCUGGGAGUUGCGAUCUGCCCGACC
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>canFam1.chr10/153-0
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>mm5.chr15/83507336-83507490
AUGCCUUAAACUUAUGAGUAAGGAAAAUAACGAUUCGGGGUGACGCCCGAGUCCUCACUGCUUAUGUGAGAAGAAUUUUUGAGCGGGUAUAGGUUGCAAUCUGAGGCGACCCGCCUACUUUGCGGGAUGCCUGGGUGACGCGAUCUGCCCGACC
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>galGal2.chr1/142329656-142329504
AUGCCUUAAACUUAUGAGUAAGGAAAAUAACGACUCGGGGUGACGCCCGAGUCCUCACUACUGAUGUGAGAGGAAUUUUUGUGCGGGUACAGGUCGUCCCCGGGUGACCCGCUUACUUCGCGGGAUGCCCAGGUGCAAUGAUCUGCCCGACC
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>danRer1.chrNA/108870137-108870294
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>fr1.chrUn/78555361-78555513
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>consensus
AUGCCUUAAACUUAUGAGUAAGGAAAAUAACGAUUCGGGGUGACGCCCGAGUCCUCACUGCUAAU_GUGAGACGAAUUUUUGAGCGGGUACAGGUC____GC_CCCCGAGGUGACCCGCCUACUUU_GCGGGAUGCCUG__G__GAGCCACGAUCUGCCC_GACC
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[Download RNAz result]

Consensus structure

Secondary structure graph

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Montain plot

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Dotplot

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