Structure #6217

Summary

Genome/Assembly hg17
Chromosome/Contig chr1
Strand -
Position 28,727,511 - 28,727,638
Number of sequences 6
Organisms human, dog, mouse, rat, chicken, fugu
Mean pairwise identity 73.44
Columns 130
Mean single MFE -43.97
Consensus MFE -36.86
Combinations/base pair 59 / 34 = 1.74
SCI 0.84
z-score -2.04
RNA class probability 0.987746

This structure is part of cluster 1391

Alignment

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 6
 Slice: 1 to 130
 Columns: 130
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  73.44
 Mean single sequence MFE: -43.97
 Consensus MFE: -36.86
 Energy contribution: -33.49
 Covariance contribution:  -3.37
 Mean z-score:  -2.04
 Structure conservation index:   0.84
 SVM decision value:   2.09
 SVM RNA-class probability: 0.987746
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr1/28727638-28727511
GCAUGUUUCCAAGGGCUGUGGCUGGUCAUAGCCAUGGGAUCUCCAACUGCAUGCAAGAGCAACCUGGAAAGACUUUGACAGCGCAGGUCAGUACAAUACCUGCAAGCUGCCACUCAGCUUUCCUAUA
((((((.(((...((((((((....))))))))...))).........))))))...........((((((.((.((.((((((((((.........))))))..)))).))...)))))))).... ( -45.60)
>canFam1.chr2/15149904-15150030
GCAUGUUUCCAAGGGCUGUGGCCGGUAGUGGCCAUGGGAUCUCCAACUGCAUGCGAGAGCAACUUGGAGAGACUUUGACAGCACAGGUCAGCAUAAUACCUGCAGCUGCCACUCGCCUUUCCUAUA
..........((((((.(((((((....)))))))(((.(((((((.....(((....)))..))))))).....((.((((.(((((.........)))))..)))).)))))))))))...... ( -42.90)
>mm5.chr4/23582291-23582415
GCAUGUUUCCAAGGGCUGUGGCUGCCUGUAGCCAUGGGAUCUCCAACUGCAUGCCAGAGUAAUGGAGAGACUUUGACAGCUCAGGUCAGCACAGUGCCUGCAGCUGCCACUCAUCUUUCCUAUA
((((((.....(((.(((((((((....)))))))))..)))......)))))).........(((((((...((.(((((((((.((......)))))).))))).))....))))))).... ( -44.40)
>rn3.chr1/43374555-43374679
GCAUGUUUCCAAGGGCUGUGGCUGCUCAUAGCCAUGGGAUCUCCAACUGCAUGCCAGAGUAACGGAGAGACUUUGACAGCCCAGGUUAUCACAGUGCCUGCUGUUGCCACUCAGCUCUCCUAUA
((((((.(((...((((((((....))))))))...))).........)))))).........((((((.((.((.((((.(((((.........)))))..)))).))...)))))))).... ( -42.30)
>galGal2.chr23/2166000-2165876
GCAUGUUAAUCCAAGAGCUGUGGCUCUGACGUAGCUGCAGGUCUCCAACAACAUGCAAGAGCAACGGGAAGGUCUUUGACUGCUCGGCCUCUUCUGCCUGUUGCUGUCACUCACCCCUCCUAUA
(((((((......(((.(((..((((....).)))..))).))).....)))))))...(((((((((.(((((...........)))))......)))))))))................... ( -41.00)
>fr1.chrUn/97369401-97369278
GCAUGCUAUCCUAAGGAUCCAGGCUUGUCUGUAGUUCUGGGUUCUCCAUGUGCGUGCAAGAAAACAGGGCAGUCUUUGACUGCUGUGGCCUCAUGUCAUCAGCAGCCACUCAGCUGUCCGACA
((((((.......((((((((((((.......)).))))))))))......)))))).........(((((((...((.((((((((((.....)))).)))))).))....))))))).... ( -47.62)
>consensus
GCAUGUU__UCCAAGGGCUGUGGCU_GGUCGUAGCCAUGGGAUCUCCAACUGCAUGCAAGAGCAA__UGGAGAGACUUUGACAGCUCAGGUCAGCACAAUGCCUGCA_GCUGCCACUCAGCUUUCCUAUA
((((((.......(((.((((((((.......))))))))..)))......))))))...........((((((....((.((((.(((((.........)))))...)))).)).....)))))).... (-36.86 = -33.49 +  -3.37) 

	

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

Secondary structure

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