Structure #6217
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr1 |
Strand | - |
Position | 28,727,511 - 28,727,638 |
Number of sequences | 6 |
Organisms | human, dog, mouse, rat, chicken, fugu |
Mean pairwise identity | 73.44 |
Columns | 130 |
Mean single MFE | -43.97 |
Consensus MFE | -36.86 |
Combinations/base pair | 59 / 34 = 1.74 |
SCI | 0.84 |
z-score | -2.04 |
RNA class probability | 0.987746 |
This structure is part of cluster 1391
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 6 Slice: 1 to 130 Columns: 130 Strand: + Mean pairwise identity: 73.44 Mean single sequence MFE: -43.97 Consensus MFE: -36.86 Energy contribution: -33.49 Covariance contribution: -3.37 Mean z-score: -2.04 Structure conservation index: 0.84 SVM decision value: 2.09 SVM RNA-class probability: 0.987746 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr1/28727638-28727511 GCAUGUUUCCAAGGGCUGUGGCUGGUCAUAGCCAUGGGAUCUCCAACUGCAUGCAAGAGCAACCUGGAAAGACUUUGACAGCGCAGGUCAGUACAAUACCUGCAAGCUGCCACUCAGCUUUCCUAUA ((((((.(((...((((((((....))))))))...))).........))))))...........((((((.((.((.((((((((((.........))))))..)))).))...)))))))).... ( -45.60) >canFam1.chr2/15149904-15150030 GCAUGUUUCCAAGGGCUGUGGCCGGUAGUGGCCAUGGGAUCUCCAACUGCAUGCGAGAGCAACUUGGAGAGACUUUGACAGCACAGGUCAGCAUAAUACCUGCAGCUGCCACUCGCCUUUCCUAUA ..........((((((.(((((((....)))))))(((.(((((((.....(((....)))..))))))).....((.((((.(((((.........)))))..)))).)))))))))))...... ( -42.90) >mm5.chr4/23582291-23582415 GCAUGUUUCCAAGGGCUGUGGCUGCCUGUAGCCAUGGGAUCUCCAACUGCAUGCCAGAGUAAUGGAGAGACUUUGACAGCUCAGGUCAGCACAGUGCCUGCAGCUGCCACUCAUCUUUCCUAUA ((((((.....(((.(((((((((....)))))))))..)))......)))))).........(((((((...((.(((((((((.((......)))))).))))).))....))))))).... ( -44.40) >rn3.chr1/43374555-43374679 GCAUGUUUCCAAGGGCUGUGGCUGCUCAUAGCCAUGGGAUCUCCAACUGCAUGCCAGAGUAACGGAGAGACUUUGACAGCCCAGGUUAUCACAGUGCCUGCUGUUGCCACUCAGCUCUCCUAUA ((((((.(((...((((((((....))))))))...))).........)))))).........((((((.((.((.((((.(((((.........)))))..)))).))...)))))))).... ( -42.30) >galGal2.chr23/2166000-2165876 GCAUGUUAAUCCAAGAGCUGUGGCUCUGACGUAGCUGCAGGUCUCCAACAACAUGCAAGAGCAACGGGAAGGUCUUUGACUGCUCGGCCUCUUCUGCCUGUUGCUGUCACUCACCCCUCCUAUA (((((((......(((.(((..((((....).)))..))).))).....)))))))...(((((((((.(((((...........)))))......)))))))))................... ( -41.00) >fr1.chrUn/97369401-97369278 GCAUGCUAUCCUAAGGAUCCAGGCUUGUCUGUAGUUCUGGGUUCUCCAUGUGCGUGCAAGAAAACAGGGCAGUCUUUGACUGCUGUGGCCUCAUGUCAUCAGCAGCCACUCAGCUGUCCGACA ((((((.......((((((((((((.......)).))))))))))......)))))).........(((((((...((.((((((((((.....)))).)))))).))....))))))).... ( -47.62) >consensus GCAUGUU__UCCAAGGGCUGUGGCU_GGUCGUAGCCAUGGGAUCUCCAACUGCAUGCAAGAGCAA__UGGAGAGACUUUGACAGCUCAGGUCAGCACAAUGCCUGCA_GCUGCCACUCAGCUUUCCUAUA ((((((.......(((.((((((((.......))))))))..)))......))))))...........((((((....((.((((.(((((.........)))))...)))).)).....)))))).... (-36.86 = -33.49 + -3.37)