Structure #717
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr21 |
Strand | + |
Position | 31,958,501 - 31,958,660 |
Number of sequences | 5 |
Organisms | human, dog, mouse, rat, zebrafish |
Mean pairwise identity | 81.46 |
Columns | 166 |
Mean single MFE | -53.66 |
Consensus MFE | -46.84 |
Combinations/base pair | 68 / 47 = 1.45 |
SCI | 0.87 |
z-score | -3.82 |
RNA class probability | 0.999422 |
This structure is part of cluster 64035
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 5 Slice: 1 to 166 Columns: 166 Strand: + Mean pairwise identity: 81.46 Mean single sequence MFE: -53.66 Consensus MFE: -46.84 Energy contribution: -44.56 Covariance contribution: -2.28 Mean z-score: -3.82 Structure conservation index: 0.87 SVM decision value: 3.59 SVM RNA-class probability: 0.999422 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr21/31958501-31958660 AUAAGCACUGUGCUAAAAUUGCAGGAACUGGGACCAUAUCCUGAUUUUUGUAAUAAUGCCAGCAGAGUACACACAAGAAAAGUAACUGCACUAGAUUGUGAAGACUGGGGUGGACCUGCUUCUGAAGGUCCAGUGCCCUUUGUCUUAAGAUUUGGUGUA ....(.(((.((((...((((((((((..((((.....))))..))))))))))......)))).))).)................(((((((((((...(((((.(((((((((((........))))))...)))))..)))))..))))))))))) ( -55.50) >canFam1.chr34/22437173-22437333 AUAAGCACUGUGCUAAAAUUGCAGAAACUAGGAUUGCCUUAGUUUUUGUAAUAAUGCUAGCAGAGUACACACAAGAAGAAAAGUAACUGCACUGGAUUGUAGAGACUGGGGUGGACCUCUUUCUUAAUGUCCAGUGUCCUUUGUCUUAAGAUUUGGUGCA ....((((((((((...(((((((((((((((.....)))))))))))))))..((....)).)))))....((((...((((.....(((((((((....((((..((((....))))..))))...))))))))).)))).)))).......))))). ( -54.50) >mm5.chr15/72065961-72066123 AUAAGCACUGUGCUAAAACUGCAGGAACUAAGAUUCUAUCUUGGUUUUUGUAAUAAUGCUAGCAGAGUACACACAAGAAGAAAAGUAACUGCACUGGAUUGCAAAGACUGGAGUGGACCUCUUUCUUAAUGUCCAGUGUCCUAUGUCAUAAGAUUCGGUGCA ....(((((((((((....(((((((((((((((...))))))))))))))).......)))))...............((...(((...(((((((((....((((..((((.....)))).))))...)))))))))..))).))........)))))). ( -48.30) >rn3.chr11/7788742-7788580 AUAAGCACUGUGCUAAAAUUACAGGAACUAGGAUUAUAUCUUGGUUUUUGUAAUAAUGCUAGCAGAGUACACACAAGAAGAAGAGUAACUGCACUGGAUUCCAAAGACUGGGGUGGACCUCUUUCUUAAUGUCCAGUGUCCUUUGUCAUAAGAUUCGGUGCA ....(((((((((((..(((((((((((((((((...))))))))))))))))).....)))))............((.((((.(.....(((((((((....((((..((((....))))..))))...)))))))))))))).))........)))))). ( -54.00) >danRer1.chrUn/77062281-77062443 AAAAGAACUGUGCUAAAAUUGCAGACUCCAGGGUCUCCUGGUUUAUGCGAUGAUGCUAGCAGAGUAUCAUGCGGAAGAAGAGCAAUGGCUCUGCGCUGGAAAUGAAACUGAGUUGGACCUCUUUCUUAAUGUCCAGUGGCUUAUGUUUCAAGGCUCAGAGCA ....(((((.(((((..((((((....(((((....)))))....)))))).....))))).))).)).(((.........)))...((((((.(((.....((((((((((((((((............)))))...))))).)))))).))).)))))). ( -56.00) >consensus AUAAGCACUGUGCUAAAAUUGCAGGAACUAGGAUC_UAUCUUGGUUUUUGUAAUAAUGCUAGCAGAGUA_CACACAAGAAGAAAAGUAACUGCACUGGAUUGCAA___AGACUGGGGUGGACCUCUUUCUUAAUGUCCAGUGUCCUUUGUCUUAAGAUUCGGUGCA ......(((.(((((..((((((((((((((((.....)))))))))))))))).....))))).))).......................((((((((((.......((((.(((((((((............)))))...))))..))))...)))))))))). (-46.84 = -44.56 + -2.28)