Structure #48744

Summary

Genome/Assembly hg17
Chromosome/Contig chr12
Strand -
Position 56,504,659 - 56,504,744
Number of sequences 6
Organisms human, dog, mouse, rat, chicken, zebrafish, fugu
Mean pairwise identity 70.55
Columns 91
Mean single MFE -42.89
Consensus MFE -38.82
Combinations/base pair 43 / 29 = 1.48
SCI 0.91
z-score -6.1
RNA class probability 0.944253

This structure is part of cluster 24281

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 6
 Slice: 1 to 91
 Columns: 91
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  70.55
 Mean single sequence MFE: -42.89
 Consensus MFE: -38.82
 Energy contribution: -36.56
 Covariance contribution:  -2.26
 Mean z-score:  -6.10
 Structure conservation index:   0.91
 SVM decision value:   1.32
 SVM RNA-class probability: 0.944253
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr12/56504744-56504659
GAGGCUGUGGCUGGAUUCAAGUAAUCCAGGAUAGGCUGUUUCCAUCUGUGAGGCCUAUUCUUGAUUACUUGUUUCUGGAGGCAGC
...(((((..(..((..(((((((((.((((((((((..............)))))))))).)))))))))..))..)..))))) ( -40.64)
>mm5.chr10/3515960-3516045
GAGGCUGCGGCUGGAUUCAAGUAAUCCAGGAUAGGCUGUGUCCGUCCAUGAGGCCUGUUCUUGAUUACUUGUUUCUGGAGGCAGC
...(((((..(..((..(((((((((.(((((((((((((......)))..)))))))))).)))))))))..))..)..))))) ( -43.20)
>rn3.chr9/39768819-39768897
CCGGGACCCAGUUCAAGUAAUUCAGGAUAGGUUGUGGUGCUGGCCAGCCUGUUCUCCAUUACUUGGCUCGGGGGCCGG
((((..((((((.((((((((..(((((((((..((((....)))))))))))))..))))))))))).)))..)))) ( -38.90)
>galGal2.chr2/143556473-143556558
AGGCUGUCACCUGGUUCAAGUAAUCCAGGAUAGGCUGUAUCCAUUCCUGCUGGCCUAUUCUUGGUUACUUGCACUGGGAGGCAGC
..((((((.((..((.(((((((((.(((((((((((((........))).)))))))))).))))))))).))..)).)))))) ( -45.10)
>danRer1.chr??/0-86
UUGGCUGCAACCUGGUUCAAGUAAUCCAGGAUAGGCUUUGUGGACUAGGGUUGGCCUGUUCUUGGUUACUUGCACUGGGUUGCAGC
...(((((((((..((.(((((((((.((((((((((.....(((....))))))))))))).))))))))).))..))))))))) ( -49.00)
>fr1.chrUn/122620618-122620534
GUAGCUGCAACCGGGUUCAAGUAAUCCAGGAUAGGCUCUGUAUCUGUCUUGGCCUAUGCUUGAUUACUUGCUCUUGGAGGCGGC
...(((((..(((((..(((((((((.((.(((((((..(.......)..))))))).)).)))))))))..)))))..))))) ( -40.50)
>consensus
____AGGCUGCGACCGGGUUCAAGUAAUCCAGGAUAGGCU__GUGUCCAUCUGUGA_GGCCUAUUCUUGAUUACUUGCUCCGGGAGGCAGC
......(((((..(((((..(((((((((.((((((((((.................)))))))))).)))))))))..)))))..))))) (-38.82 = -36.56 +  -2.26) 

	

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

Secondary structure

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