Structure #48744
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr12 |
Strand | - |
Position | 56,504,659 - 56,504,744 |
Number of sequences | 6 |
Organisms | human, dog, mouse, rat, chicken, zebrafish, fugu |
Mean pairwise identity | 70.55 |
Columns | 91 |
Mean single MFE | -42.89 |
Consensus MFE | -38.82 |
Combinations/base pair | 43 / 29 = 1.48 |
SCI | 0.91 |
z-score | -6.1 |
RNA class probability | 0.944253 |
This structure is part of cluster 24281
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 6 Slice: 1 to 91 Columns: 91 Strand: + Mean pairwise identity: 70.55 Mean single sequence MFE: -42.89 Consensus MFE: -38.82 Energy contribution: -36.56 Covariance contribution: -2.26 Mean z-score: -6.10 Structure conservation index: 0.91 SVM decision value: 1.32 SVM RNA-class probability: 0.944253 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr12/56504744-56504659 GAGGCUGUGGCUGGAUUCAAGUAAUCCAGGAUAGGCUGUUUCCAUCUGUGAGGCCUAUUCUUGAUUACUUGUUUCUGGAGGCAGC ...(((((..(..((..(((((((((.((((((((((..............)))))))))).)))))))))..))..)..))))) ( -40.64) >mm5.chr10/3515960-3516045 GAGGCUGCGGCUGGAUUCAAGUAAUCCAGGAUAGGCUGUGUCCGUCCAUGAGGCCUGUUCUUGAUUACUUGUUUCUGGAGGCAGC ...(((((..(..((..(((((((((.(((((((((((((......)))..)))))))))).)))))))))..))..)..))))) ( -43.20) >rn3.chr9/39768819-39768897 CCGGGACCCAGUUCAAGUAAUUCAGGAUAGGUUGUGGUGCUGGCCAGCCUGUUCUCCAUUACUUGGCUCGGGGGCCGG ((((..((((((.((((((((..(((((((((..((((....)))))))))))))..))))))))))).)))..)))) ( -38.90) >galGal2.chr2/143556473-143556558 AGGCUGUCACCUGGUUCAAGUAAUCCAGGAUAGGCUGUAUCCAUUCCUGCUGGCCUAUUCUUGGUUACUUGCACUGGGAGGCAGC ..((((((.((..((.(((((((((.(((((((((((((........))).)))))))))).))))))))).))..)).)))))) ( -45.10) >danRer1.chr??/0-86 UUGGCUGCAACCUGGUUCAAGUAAUCCAGGAUAGGCUUUGUGGACUAGGGUUGGCCUGUUCUUGGUUACUUGCACUGGGUUGCAGC ...(((((((((..((.(((((((((.((((((((((.....(((....))))))))))))).))))))))).))..))))))))) ( -49.00) >fr1.chrUn/122620618-122620534 GUAGCUGCAACCGGGUUCAAGUAAUCCAGGAUAGGCUCUGUAUCUGUCUUGGCCUAUGCUUGAUUACUUGCUCUUGGAGGCGGC ...(((((..(((((..(((((((((.((.(((((((..(.......)..))))))).)).)))))))))..)))))..))))) ( -40.50) >consensus ____AGGCUGCGACCGGGUUCAAGUAAUCCAGGAUAGGCU__GUGUCCAUCUGUGA_GGCCUAUUCUUGAUUACUUGCUCCGGGAGGCAGC ......(((((..(((((..(((((((((.((((((((((.................)))))))))).)))))))))..)))))..))))) (-38.82 = -36.56 + -2.26)