Structure #54180
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr13 |
Strand | - |
Position | 53,677,616 - 53,677,733 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, mouse, rat, dog |
Mean pairwise identity | 87.22 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -39.09 |
Consensus MFE | -26.17 |
Combinations/base pair | 52 / 39 = 1.33 |
SCI | 0.67 |
z-score | -3.2 |
RNA class probability | 0.92269 |
This structure is part of cluster 27543
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 87.22 Mean single sequence MFE: -39.09 Consensus MFE: -26.17 Energy contribution: -24.43 Covariance contribution: -1.75 Mean z-score: -3.20 Structure conservation index: 0.67 SVM decision value: 1.15 SVM RNA-class probability: 0.922690 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr13/53677733-53677616 UGGAAUACUAUGAGAAGGGCCAUUUUUUUCUUGUGGUAUUUUUGGCCAUGACUCAGGGUGAAAUGUCUGAUAUGUCAUGAGAAAGAUGGCCUUCAUUAAACUUCCAGGCCAUUUGCA .(((((((((..(((((((.....)))))))..)))))))))..(((((((((((((........)))))...))))))....(((((((((.............))))))))))). ( -37.02) >mm5.chr14/73066434-73066316 UGGGAUACUAUAAGAAGGGCCAUUCUUUCUUGAAGUAUUUUUGGCCAUGACUCAGGGUGGGAUGCUUUAUAUGUGUCACAAGAAAGAUGGCCCUCAUUACAUCUCCAGCCCAUUUGCA ((((......(((..((((((((.((((((((............((((........))))(((((.......))))).))))))))))))))))..))).........))))...... ( -38.26) >rn3.chr15/62800134-62800016 UGGGAUACUAUAAGGAGGGCCAUUCUUUCUUGAAGUAUUUUUGGCCAUGACUCAGGGUGGGAUGCUUUAUAUGUGUCAUAAGAAAGAUGGCCUUCAUUACAUCUCCAGCCCAUUUGCA ((((..........(((((((((.((((((((............((((........))))(((((.......))))).))))))))))))))))).............))))...... ( -36.10) >canFam1.chr22/14098397-14098281 UGGGAUACUAUGAGAAGGGCCAUUCUUUCUUGUGGUAUUUUUGGCUGUGUCUCAGGGUGGGAUGUUUGAUAUGUCAUGAGAAAGAUGGCCCCUCAUUAGAUUUCCAGGCAUUUGCA (((((..(((((((..(((((((.((((((..((..((.((..((...(((((.....)))))))..)).))..))..))))))))))))))))).)))..))))).((....)). ( -45.00) >consensus UGGGAUACUAUAAGAAGGGCCAUUCUUU_CUUGAAGUAUUUUUGGCCAUGACUCAGGGUGGGAUGCUUGAUAUGU__CAUAAGAAAGAUGGCCC_UCAUUACAUCUCCAGCCCAUUUGCA (((((.....(((((.(((((((.((((.(((((((((((((..(((.((...)).)))))))))))...........)))))))))))))))).)).)))...)))))........... (-26.17 = -24.43 + -1.75)