Structure #54185
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr13 |
Strand | - |
Position | 53,677,655 - 53,677,773 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, mouse, rat, dog |
Mean pairwise identity | 87.82 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -34.58 |
Consensus MFE | -28.79 |
Combinations/base pair | 46 / 36 = 1.28 |
SCI | 0.83 |
z-score | -2.46 |
RNA class probability | 0.973109 |
This structure is part of cluster 27543
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 87.82 Mean single sequence MFE: -34.58 Consensus MFE: -28.79 Energy contribution: -27.72 Covariance contribution: -1.06 Mean z-score: -2.46 Structure conservation index: 0.83 SVM decision value: 1.70 SVM RNA-class probability: 0.973109 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr13/53677773-53677655 AGAAUAUUUUUAUUAUGCCAUCCAUCUGGAAAAGGAAGGUUGGAAUACUAUGAGAAGGGCCAUUUUUUUCUUGUGGUAUUUUUGGCCAUGACUCAGGGUGAAAUGUCUGAUAUGUCAU .(((((((..((((.((((.(((....))).......(((..((((((((..(((((((.....)))))))..))))).)))..))).........)))).))))...))))).)).. ( -31.10) >mm5.chr14/73066473-73066355 AGAAUAUUUGUAUUGUGCCAUCUUUCUGGAAAGGAAGGCUGGGAUACUAUAAGAAGGGCCAUUCUUUCUUGAAGUAUUUUUGGCCAUGACUCAGGGUGGGAUGCUUUAUAUGUGUCAC ...((((..(((((.((((...(((((....)))))(((..(((((((.(((((((((....))))))))).)))).)))..))).........)))).)))))...))))....... ( -36.00) >rn3.chr15/62800173-62800055 AGAAUAUUUGUAUUGUGCCAUCUUUCUGGAAAGGAAGGCUGGGAUACUAUAAGGAGGGCCAUUCUUUCUUGAAGUAUUUUUGGCCAUGACUCAGGGUGGGAUGCUUUAUAUGUGUCAU ...((((..(((((.((((...(((((....)))))(((..(((((((.(((((((((....))))))))).)))).)))..))).........)))).)))))...))))....... ( -35.50) >canFam1.chr22/14098437-14098320 AGAAUAUUUUUAUUAUACCAUCCAUCUGGAAAAGGAAGGCUGGGAUACUAUGAGAAGGGCCAUUCUUUCUUGUGGUAUUUUUGGCUGUGUCUCAGGGUGGGAUGUUUGAUAUGUCAU ..........(((((...(((((.((((((.......(((..((((((((..(((((((....)))))))..))))).)))..)))...)).))))...)))))..)))))...... ( -35.70) >consensus AGAAUAUUUGUAUUAUGCCAUCCAUCUGGAAA_GGAAGGCUGGGAUACUAUAAGAAGGGCCAUUCUUU_CUUGAAGUAUUUUUGGCCAUGACUCAGGGUGGGAUGCUUGAUAUGU__CAU ...((((..(((((.((((.(((....))).......(((..(((((((((((((((((....))))).))))))))).)))..))).........)))).)))))...))))....... (-28.79 = -27.72 + -1.06)