Structure #54419
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr13 |
Strand | + |
Position | 57,553,766 - 57,553,886 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, mouse, rat, dog |
Mean pairwise identity | 82.63 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -37.46 |
Consensus MFE | -25.74 |
Combinations/base pair | 44 / 35 = 1.26 |
SCI | 0.69 |
z-score | -2.89 |
RNA class probability | 0.989836 |
This structure is part of cluster 27659
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 82.63 Mean single sequence MFE: -37.46 Consensus MFE: -25.74 Energy contribution: -25.80 Covariance contribution: 0.06 Mean z-score: -2.89 Structure conservation index: 0.69 SVM decision value: 2.18 SVM RNA-class probability: 0.989836 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr13/57553766-57553886 CAGCUUAUGGGGCAUUUACUCCAUAAGCUGCUGAUUAUGUUCUUUAAAGUCUGCGAGGCUCAGUUUCUCACAGAUGGUACCUGCUGUACUCACAACUUCUGAGCAUGAUUUGUCAGUCAU ((((((((((((......))))))))))))((((((((((((......(((((.((((.......)))).)))))(((((.....)))))..........)))))))....))))).... ( -40.60) >mm5.chr14/76754311-76754425 CAGCUUAUGUGGCAUUUAGCCCAUAAGCUGCUGAUAGUCUUGAUGUCUGGGGUUCAGUUUCUCACAGAUGGUGCCUGCUGUACUCACUGCUUCUUAGUGUGACUUGUCAGUCAU (((((((((.(((.....))))))))))))(((((((((.....((((((((........))).)))))(((((.....)))))(((((.....))))).))).)))))).... ( -39.40) >rn3.chr15/66911296-66911410 CAGCUUAUGUGGCAUUUAGUCCAUAAGCUGCUGAUAGUCUUGAUAUCUGGGGUUCAGUUUCUCACAGAUGGUGCCUGCUGUAUUCGCUGCUUCUUAGUGUGACUUGUCAGUCAU (((((((((.(((.....))))))))))))(((((((((...(((.((((((..((((.....((((..(....)..))))....))))..)))))))))))).)))))).... ( -35.80) >canFam1.chr22/17163360-17163480 CAGCUUAUGUGGCAUUUACUCCAUAAGCUGCCGAUUAUGUUCUUUAGUGUCUGUGAGCCACGGCUUCUCACAGAUGGUACCUGCUAUACUCACAACUUCUUAGCAUGGCGUGUCAGUCAU (((((((((..(......)..)))))))))..((((........((.(((((((((((....))...))))))))).))(((((((..............))))).))......)))).. ( -34.04) >consensus CAGCUUAUGUGGCAUUUACUCCAUAAGCUGCUGAUAAU____CUUAAUGUCU__GAGGCUCAGUUUCUCACAGAUGGUACCUGCUGUACUCACAACUUCUUAGCAUGACUUGUCAGUCAU .((((((((.(((.....)))))))))))(((((..............(((((.((((.......)))).)))))(((((.....))))).........)))))(((((......))))) (-25.74 = -25.80 + 0.06)