Structure #64342
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr14 |
Strand | + |
Position | 97,086,718 - 97,086,838 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, dog, mouse, rat |
Mean pairwise identity | 75 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -48.15 |
Consensus MFE | -34.45 |
Combinations/base pair | 50 / 39 = 1.28 |
SCI | 0.72 |
z-score | -4.25 |
RNA class probability | 0.999986 |
This structure is part of cluster 33379
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 75.00 Mean single sequence MFE: -48.15 Consensus MFE: -34.45 Energy contribution: -35.20 Covariance contribution: 0.75 Mean z-score: -4.25 Structure conservation index: 0.72 SVM decision value: 5.41 SVM RNA-class probability: 0.999986 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr14/97086718-97086838 AAGAAAGCCUGCUGGCCUACCUGGGAUUAAUGAGUACCCAGGGAAUGUGGGAUGACUCUAGGCUGGAGCUGGGGUCAUUAAAUUCCGCUGGUCAUUAAUCCCCUGGAAAUGCCCAGGGCU .....(((((...(((...((.(((((((((((....(((((((((....(((((((((((.(....))))))))))))..))))).)))))))))))))))..))....)))..))))) ( -55.60) >canFam1.chr8/69072277-69072397 AAGAAAGGCUGCUGGCCUACCUGGGAUUAAUGAGUACCCAGGGAAUGUGGGAUGGCUCUAGGCUGGAGCCAGGGUCAUUAAAUUCCGCUGGUCAUUAAUCCCCUGGAAAUGCCCAGGGCU .....((((.....)))).((.(((((((((((....(((((((((....(((((((((.(((....))))))))))))..))))).)))))))))))))))((((......)))))).. ( -54.80) >mm5.chr??/413-509 GAUUAAUAAUUAGCUAGAAGGAGUUGAUGGUCCUUGGCUAAAACGUGGGUCAUUAACUCCAGCCAGUCAUUAAUUGCCUGGAAAUGUCCUGGGCU (((((((.(((.(((....((((((((((..((.((.......)).))..))))))))))))).))).)))))))(((((((....))).)))). ( -36.00) >rn3.chr6/130927455-130927575 AAGAAAGGCUGCUGGCCUACCUGGGAUUAAUGAGGACCCAGGGAAUGGAGGAUGGCUCUAGGCUGAAGCUGGGGUCAUUAAAUCCUGCUGGUCAUUAAUCCUCUGGAAAUGCCCAGGGCU .....((((.....)))).((.(((((((((((....((((.(...(((.(((((((((((.(....))))))))))))...)))).)))))))))))))))((((......)))))).. ( -46.20) >consensus AAGAAAGGCUGCUGGCCUACCUGGGAUUAAUGAGUACCCAGGGAAUGUGGGAUGGCUCUAGGCUGAAGCUGGGGUCAUUAAAUCCCGCUGGUCAUUAAUCCCCUGGAAAUGCCCAGGGCU .....((((.....)))).....((((((((((....(((((((((....(((((((((((.......)))))))))))..))))).))))))))))))))(((((......)))))... (-34.45 = -35.20 + 0.75)