Structure #65907

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr15
Strand	-
Position	34,050,574 - 34,050,693
Number of sequences	5
Organisms	human, dog, mouse, rat, chicken
Mean pairwise identity	91.6
Columns	119
Mean single MFE	-41.82
Consensus MFE	-38.02
Combinations/base pair	50 / 39 = 1.28
SCI	0.91
z-score	-1.66
RNA class probability	0.975588

This structure is part of cluster 34253

Alignment

[Download Clustal]

RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 5
 Slice: 1 to 119
 Columns: 119
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  91.60
 Mean single sequence MFE: -41.82
 Consensus MFE: -38.02
 Energy contribution: -37.38
 Covariance contribution:  -0.64
 Mean z-score:  -1.66
 Structure conservation index:   0.91
 SVM decision value:   1.75
 SVM RNA-class probability: 0.975588
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr15/34050693-34050574
UGACACCCACUGCUGCUUCUCUUGCACAUUUGCAGGGAAUUUAAGCAAAGAGGGAAUGAGCUGAGGCCCAGCUUUGUAUUGAUCGUGAGGAGGUGUGCUGCCUGGGAGCACAGUCUAAU
.(((.(((((((((..(((.((((((....)))))))))....))))..((..((..((((((.....))))))....))..))))).))...((((((.(....)))))))))).... ( -37.30)
>canFam1.chr30/6452609-6452490
UGACACCCUCUGCUGCUUCUCUUGCACAUUUGCAGGGAAUUUAAGCAAAGAGGGAAUGAGCUGAGGCCCAGCUUUGUAUUGAUCGUGUGGAGGUGCGCUGCCUGGGAGCACAGUCUAAU
.(((.((((((..(((((.(((((((....))))))).....))))).))))))..((..((.(((((((.(((..(((.....)))..))).)).)..)))).))..))..))).... ( -42.90)
>mm5.chr2/114849290-114849171
UGAUACCCUCUGCUGCUUCUCUUGCACAUUUGCAGGGAAUUUAAGCAAAGAGGGAAUGAGCUGAGGCCCGGCUUGGUAUUGAUCGUGCCGAGGUGCGCUGCCCGGGAGCACAGUCUAAU
.....((((((..(((((.(((((((....))))))).....))))).))))))..((..(((.(.(((((((((((((.....))))))))..((...)))))))..).)))..)).. ( -43.90)
>rn3.chr3/100939535-100939416
UGACACCCUCUGCUGCUUCUCUUGCACAUUUGCAGGGAAUUUAAGCAAAGAGGGAAUGAGCUGAGGCCUGGCUUGGUAUUGAUCGCGCCGAGGUGCGCUGCCUGGGAGCACAGUCUAAU
.(((.((((((..(((((.(((((((....))))))).....))))).))))))..((..((.((((..(((..(((....)))((((....))))))))))).))..))..))).... ( -45.60)
>galGal2.chr5/27640605-27640724
UGACACCCUCUGCUGCUUCCCUUGCACAUUUGUGGGGAAUUUAAGCAAAGAGGGAAUGAACAGAGCCUCAGAUUCAUAUUGAUCGUGUGAAGGUGCACUGCCUGAGAGCACAGUCUAAU
.(((.((((((..(((((.(((..((....))..))).....))))).))))))..........((((((..(((((((.....)))))))(((.....))))))).))...))).... ( -39.40)
>consensus
UGACACCCUCUGCUGCUUCUCUUGCACAUUUGCAGGGAAUUUAAGCAAAGAGGGAAUGAGCUGAGGCCCAGCUUGGUAUUGAUCGUGCGGAGGUGCGCUGCCUGGGAGCACAGUCUAAU
.(((.((((((..(((((.(((((((....))))))).....))))).))))))..((..((.((((.((.((((((((.....)))))))).))....)))).))..))..))).... (-38.02 = -37.38 +  -0.64)

[Download RNAz result]

Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

[PS | PDF]

Montain plot

Secondary structure

[PS | PDF]

Dotplot

Secondary structure

[PS | PDF]