Structure #110185

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr2
Strand	+
Position	178,412,531 - 178,412,651
Number of sequences	5
Organisms	human, dog, mouse, rat, chicken
Mean pairwise identity	83.08
Columns	120
Mean single MFE	-40.34
Consensus MFE	-31.48
Combinations/base pair	53 / 39 = 1.36
SCI	0.78
z-score	-3.01
RNA class probability	0.995925

This structure is part of cluster 58284

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 5
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  83.08
 Mean single sequence MFE: -40.34
 Consensus MFE: -31.48
 Energy contribution: -30.96
 Covariance contribution:  -0.52
 Mean z-score:  -3.01
 Structure conservation index:   0.78
 SVM decision value:   2.63
 SVM RNA-class probability: 0.995925
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr2/178412531-178412651
CAGCUCUGGCUGAUGGUGCGGGAGAAUUUAUUUUCACUAGAAAGGGAAUGACCCAUAACUCAUGAAUGGCAGCGCUUAAAGUGAGUUAUGGAGGUUACUCUCCUGUGAGAGGAAAUGGAU
...((((.((.......)).)))).((((((((((.((....(((((.(((((((((((((((....(((...)))....))))))))))..))))).)).)))...)).)))))))))) ( -41.70)
>canFam1.chr36/24561110-24561230
CAGCUCUGGCUGAUGGUGCGGGAGAAUUUAUUUUCACUAGGAAGGGAAUGACCCAUAACUCAUGAAUGGCAGCGCUUAAAGUGAGUUAUGGAGGUUACUCUCCUGUGUGAGGAAAUGGAU
...((((.((.......)).))))......((((((((((((.(((..(((((((((((((((....(((...)))....))))))))))..))))))))))))).)))))))....... ( -42.30)
>mm5.chr2/75962460-75962580
CAGUGCAGGCUCAUGGUGCGGGAGAAUUUAUUUUCGCUAGGAGAGGAAUGACCCAUAACUCACGAACGGUGAUGCUUAAAGUGAGUUAUGGAGGUUACUCUCCUGUGAGAGGAAAUGGAU
((...(...(((((...(((..((......))..))).(((((((.(((...(((((((((((....((.....))....)))))))))))..))).))))))))))))..)...))... ( -41.60)
>rn3.chr3/58633396-58633516
CAGUGCAGGCUGAUGGUGCGGGAGAAUUUAUUUUCACUAGGCGAGGAAUGACCCAUAACUCAUGAACGUCGACGUUCAAAGUGAGUUAUGGAGGUUACUCUCCUGCGAGGGGAAAUGGAU
((((....))))....(((((((((.....(((((.......))))).((((((((((((((((((((....))))))...)))))))))..))))).)))))))))............. ( -39.90)
>galGal2.chr7/20894471-20894351
CAGCUGUACACGAUGGCACUGUAAAAUUUAUUUUCACCAGAAAAAAAACGACCCAUAACUCACGAGUGGCAGAGUCUGCAGUGAGUUAUGGAGGUCAUUCUCUCGUGUGAGGAAAUGAAU
((.((.(((((((((((.((..........(((((....)))))........(((((((((((.....((((...)))).))))))))))))))))).....))))))).))...))... ( -36.20)
>consensus
CAGCUCUGGCUGAUGGUGCGGGAGAAUUUAUUUUCACUAGGAAAGGAAUGACCCAUAACUCAUGAAUGGCAGCGCUUAAAGUGAGUUAUGGAGGUUACUCUCCUGUGAGAGGAAAUGGAU
((((....))))....(((((((((((((.(((((....))))).))))((((((((((((((....(((...)))....))))))))))..))))..)))))))))............. (-31.48 = -30.96 +  -0.52) 

	

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Consensus structure

Secondary structure graph

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Montain plot

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Dotplot

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