Structure #118831
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr20 |
Strand | + |
Position | 44,330,281 - 44,330,386 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, dog, mouse, rat |
Mean pairwise identity | 72.03 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -53.32 |
Consensus MFE | -32.8 |
Combinations/base pair | 52 / 37 = 1.41 |
SCI | 0.62 |
z-score | -2.23 |
RNA class probability | 0.995101 |
This structure is part of cluster 63001
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 72.03 Mean single sequence MFE: -53.33 Consensus MFE: -32.80 Energy contribution: -32.55 Covariance contribution: -0.25 Mean z-score: -2.23 Structure conservation index: 0.62 SVM decision value: 2.54 SVM RNA-class probability: 0.995101 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr20/44330281-44330386 AGACGUGGCCUGAGCCUGGGCUUAUCCAGCUGGGCCUGGCCCCGCUCCGAGGGUCUGUCGCUUGCUGUGAUCACAGCAGGAUCAGUGCCCCAGAUCUUGCUUAAA .((((.((((.(.(((..(.((.....)))..)))).)))).)).)).(.(((((((...((((((((....))))))))..))).))))).............. ( -42.10) >canFam1.chr24/36422479-36422598 CAACGUGGCCUGAGCCCUGGGCUUAGCCAGCUGGCCUUGGCCCAGCUCUGAGCCCCGCUACCUUGCGUCCACCGCCUGCCGUGUUCACGGCGGGAUCAGAGCCCUGGAGCUCGCUCACA ....(((((..((((((((((((..(((....)))...))))))(((((((....(((......))).......((((((((....)))))))).)))))))...)).)))))).))). ( -58.70) >mm5.chr2/165258833-165258950 GGAUGCCGCCUGAGCUGGGGCUUAACCAGCCAGGCCCUGCCAUCCGCAGAGGAGGGAGCCCCGGGUCUGCCGCCUGCUGUGCUCACAGCGGGAUCAGCGCCCCAGAUCUCUCUCAAA ((((((.(((((.(((((.......))))))))))...).)))))......(((((((....(((((((...((((((((....))))))))..))).)))).....)))))))... ( -58.70) >rn3.chr3/156141469-156141586 GGAUGCAGCCUGAGCCAGGGCUUAGCCAGCCAGGCCCUGCCAGCCGCAGAGGAGGGAGCCCCAGGCCUGCCGCCUGCUGUGCUCACAGCGGGAUCAGCGCCCCAGAUCUCUCUCAAA ...(((.((.((.((.(((((((.(....).))))))))))))).)))...(((((((.....((((((...((((((((....))))))))..))).)))......)))))))... ( -53.80) >consensus GGACGCGGCCUGAG_CCUGGGCUUAGCCAGCCAGGCCCGGCCAACCGCAGAGGAGGGA_GCCCCGGGUCUGCCGCCUGCUGUGCUCACAGCGGGAUCAGCGCCCCAGAUCUCGCUCAAA_ ..........((((..((((((((((....))))))))))........(((((.(((....)))(((((((...((((((((....))))))))..))).))))....)))))))))... (-32.80 = -32.55 + -0.25)