Structure #118835
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr20 |
Strand | + |
Position | 44,330,320 - 44,330,425 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, dog, mouse, rat |
Mean pairwise identity | 74.75 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -47.05 |
Consensus MFE | -28.7 |
Combinations/base pair | 41 / 32 = 1.28 |
SCI | 0.61 |
z-score | -1.77 |
RNA class probability | 0.774982 |
This structure is part of cluster 63001
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 74.75 Mean single sequence MFE: -47.05 Consensus MFE: -28.70 Energy contribution: -31.45 Covariance contribution: 2.75 Mean z-score: -1.77 Structure conservation index: 0.61 SVM decision value: 0.54 SVM RNA-class probability: 0.774982 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr20/44330320-44330425 CCCCGCUCCGAGGGUCUGUCGCUUGCUGUGAUCACAGCAGGAUCAGUGCCCCAGAUCUUGCUUAAAGCCUGGCGGCCACCGCCUGCCUCGCAGCUCAUCUCCCGC ....(((.(((((..(((...((((((((....))))))))..))).(((((((..(((.....))).)))).))).........))))).)))........... ( -38.70) >canFam1.chr24/36422519-36422637 CCCAGCUCUGAGCCCCGCUACCUUGCGUCCACCGCCUGCCGUGUUCACGGCGGGAUCAGAGCCCUGGAGCUCGCUCACAGCCUGGCCGCCACCUCCUGCCUGGUGGCUCAUCUCCCGU .((((((.(((((..(((......))).......((((((((....))))))))....((((......))))))))).)).))))..((((((........))))))........... ( -50.20) >mm5.chr2/165258872-165258989 CCAUCCGCAGAGGAGGGAGCCCCGGGUCUGCCGCCUGCUGUGCUCACAGCGGGAUCAGCGCCCCAGAUCUCUCUCAAAGCCAGGCCGCCACCGCUGGCCUCGCGGCUCAUCUCCCGC ......((.(.((((((((((..(((((((...((((((((....))))))))..))).))))...............((.(((((((....)).))))).))))))).)))))))) ( -53.80) >rn3.chr3/156141508-156141625 CCAGCCGCAGAGGAGGGAGCCCCAGGCCUGCCGCCUGCUGUGCUCACAGCGGGAUCAGCGCCCCAGAUCUCUCUCAAAGCCAGGCCGCCGCCACUGGCCUCACAGCUCAUCUCCCGC ..(((.(..((((((((((.....((((((...((((((((....))))))))..))).)))......)))))))...(((((((....)))..))))))).).))).......... ( -45.50) >consensus CCAACCGCAGAGGAGGGA_GCCCCGGGUCUGCCGCCUGCUGUGCUCACAGCGGGAUCAGCGCCCCAGAUCUCGCUCAAA_GCCAGGCCG_CCACCGCCGGCCUCGCAGCUCAUCUCCCGC .........(((((((((......(((((((...((((((((....))))))))..))).))))......))))))....((.((((((........)))))).))..)))......... (-28.70 = -31.45 + 2.75)