Structure #144766

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr5
Strand	-
Position	32,415,412 - 32,415,527
Number of sequences	6
Organisms	human, mouse, rat, dog, chicken, fugu, zebrafish
Mean pairwise identity	73.02
Columns	120
Mean single MFE	-53.18
Consensus MFE	-39.08
Combinations/base pair	58 / 42 = 1.38
SCI	0.73
z-score	-7.45
RNA class probability	0.911456

This structure is part of cluster 80020

Alignment

[Download Clustal]

RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 6
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  72.79
 Mean single sequence MFE: -53.18
 Consensus MFE: -39.08
 Energy contribution: -39.83
 Covariance contribution:   0.76
 Mean z-score:  -7.45
 Structure conservation index:   0.73
 SVM decision value:   1.08
 SVM RNA-class probability: 0.911817
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr5/32415527-32415412
UAAGUGUAGGGAGUGAAAGGUGAGGAAGCAGCUGUUUGGUUUAGUGACUUUGCAGUCAUGCAAAGGCACAGAAGGGAAACCAAACAGAUUUCCUUAACCUUUCAGUCCCUAGACA
...((.((((((.(((((((((((((((...(((((((((((.(((.(((((((....))))))).))).......))))))))))).))))))).)))))))).)))))).)). ( -60.30)
>mm5.chr15/92056335-92056450
UAAGUGUAGGGAAUGAAAGGUGAGGAAGCAGCUGCUUGGUUUAGUGACUUUGCAGACAUGCAAAGGCACGGAGAGGAAACCAAACAGAUUUCCUUAACCUUUCAGUCCCUAGACA
...((.((((((.(((((((((((((((...(((.(((((((.(((.(((((((....))))))).))).......))))))).))).))))))).)))))))).)))))).)). ( -55.10)
>rn3.chr2/196661714-196661829
UAAGUGUAGGGAAUGAAAGGUGAGGAAACAGCUGCUUGGUUUAGUGACUUUGCAGACAUGCAAAGGCACAGAGAGGAAACCAAACAGAUUUCCUUAACCUUUCAGUCCCUAGACA
...((.((((((.(((((((((((((((...(((.(((((((.(((.(((((((....))))))).))).......))))))).))).))))))).)))))))).)))))).)). ( -54.30)
>galGal2.chrZ_random/9014298-9014184
UGAGUGUAGGGAAUGAAAGGUGAGAAGCAACUGUUUGGUUUAGUGACUUUGCAUUCUGGCAAAGGCACAAUAAAGAAACCAAACAGAUUCCCUUGACCUUUCAGUCUCUAUACC
...(((((((((.((((((((.((......(((((((((((.(((.((((((......)))))).))).......)))))))))))......)).)))))))).))))))))). ( -46.80)
>fr1.chrUn/60595778-60595663
GUAGAAUGGGGAUUGAGAGAAACGGGAAUAUCUGCGGUUCUCCUGUGGUUCUGCUUCCUGAGCAGAAGUGCAGCAGAAUGAAGCAGACUUCCUUGGCUCUUUCAGUCCCUAUGC
.....(((((((((((((((..((((((..(((((.(((((.(((((.((((((((...)))))))).))))).)))))...))))).)))).))..))))))))))))))).. ( -57.20)
>danRer1.chr5/21625012-21624896
UGGGAAUAGGGAUUGAGAGGCAAGGAAUAUCUGAUUAGUUUACUGUGGUGUUGCUUGCUCUGCAUACACACAGGCAAAGUAAAGCAGAUUUCCUUGACUGCUUCAGUUCCUAUGCA
...(.((((((((((((.(((((((((.(((((.(((.(((.(((((((((.((.......)))))).)))))..))).)))..)))))))))))).))..)))))))))))).). ( -45.40)
>consensus
UAAGUGUAGGGAAUGAAAGGUGAGGAAGCAGCUGCUUGGUUUA___GUGACUUUGCAGAC_AUGCAAAGGCACAGAAAGGAAACCAAACAGAUUUCCUUAAC_CUUUCAGUCCCUAGACA
...((.((((((.((((((.((((((((...(((.(((((((....(((.(((((((.....))))))).))).......))))))).))).))))))))...)))))).)))))).)). (-39.08 = -39.83 +   0.76) 

	

[Download RNAz result]

Consensus structure

Secondary structure graph

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Montain plot

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Dotplot

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