Structure #161585
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr6 |
Strand | - |
Position | 85,026,793 - 85,026,908 |
Number of sequences | 5 |
Organisms | human, dog, mouse, rat, chicken |
Mean pairwise identity | 69.8 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -39.66 |
Consensus MFE | -26.9 |
Combinations/base pair | 46 / 30 = 1.53 |
SCI | 0.68 |
z-score | -2.07 |
RNA class probability | 0.994139 |
This structure is part of cluster 89549
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 5 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 69.80 Mean single sequence MFE: -39.66 Consensus MFE: -26.90 Energy contribution: -26.86 Covariance contribution: -0.04 Mean z-score: -2.07 Structure conservation index: 0.68 SVM decision value: 2.45 SVM RNA-class probability: 0.994139 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr6/85026908-85026793 CCUUUGUGCUCUCAUUUAGAGCUUGCACAGCCAAUUCCAUGGCGGCAAAUUUGGCACCAUGUGGGUGGCUGCCUGACUUCAAAUGCUCAGCUGCUCUGGCUCCCAGGGCACUGAC .......(((((.....)))))..(((((((((.(..(((((.(.((....)).).)))))..).))))))..((....))..)))((((.((((((((...)))))))))))). ( -44.00) >canFam1.chr12/47436496-47436381 UCUCUGUGCUCUCUUUCAGAGCUUGCACAGACAACUCCAUGGUGGCAAAUUUGGCACUAUGUGGGUGGCUGCCCGACUUCAAAUGCUCAGCUGCUCUGGCUCCCAGGGCACUGAC ..(((((((.(((.....)))...)))))))......(((((((.((....)).)))))))(((((....)))))...........((((.((((((((...)))))))))))). ( -45.50) >mm5.chr9/87743160-87743053 CCCCUGCGCUCUUGUUCUGCAGUCCCACAGUGGCACAUUUGGCACUAUGUGGGUGGCUGGCUGCCUCACUUCAAACACUCAGCUGCUCUCGCUCCCGGGGCACUGAC ...(((((.........))))).(((((((((.((....)).)))..)))))).(((.....))).............((((.(((((.((....))))))))))). ( -32.70) >rn3.chr8/92560548-92560429 CCUCCACACUAGUGUUUAGUGCUUGCACAGCCAGUCCCACAGUGGCACAUUUGGCACUAUGUGGGUGGCUGGCCGCCUCACUUCAAACACUCAGCUGCUCUCACUCCCGGGGCACUGAC ...........((((((((((...((.((((((..(((((((((.((....)).)))..)))))))))))))).....))))..))))))((((.((((((.......)))))))))). ( -44.90) >galGal2.chr3/32843200-32843315 GCUUUAAGGCCUAUUUUGGUAGAUCGACAAGUUGAUCUCUUGGUGGCAUUUUGGUACUAGGUGGGUGGCAGACAGACAUCAGAUGUUCAGCUGCUGAAAAUCUUUAAGUAAUGAC ((((.((((((((.......(((((((....)))))))(((((((.(.....).))))))))))))(((((...(((((...)))))...)))))......))).))))...... ( -31.20) >consensus CCUCUGCGCUCUCGUUUAG_AGCUUGCACAGCCAAUCCCAUGGUGGCAAAUUUGGCACUAUGUGGGUGGCUGCCCG____ACUUCAAAUGCUCAGCUGCUCUCGCUCCCAGGGCACUGAC ............................((((((.((((((((((.((....)).))))))).)))))))))...................((((.((((((((...)))))))))))). (-26.90 = -26.86 + -0.04)