Structure #161589
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr6 |
Strand | - |
Position | 85,026,832 - 85,026,922 |
Number of sequences | 5 |
Organisms | human, dog, mouse, rat, chicken |
Mean pairwise identity | 64.42 |
Columns | 108 |
Mean single MFE | -32.58 |
Consensus MFE | -18.28 |
Combinations/base pair | 32 / 21 = 1.52 |
SCI | 0.56 |
z-score | -2.01 |
RNA class probability | 0.976256 |
This structure is part of cluster 89549
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 5 Slice: 1 to 108 Columns: 108 Strand: + Mean pairwise identity: 64.42 Mean single sequence MFE: -32.58 Consensus MFE: -18.28 Energy contribution: -18.28 Covariance contribution: -0.00 Mean z-score: -2.01 Structure conservation index: 0.56 SVM decision value: 1.77 SVM RNA-class probability: 0.976256 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr6/85026922-85026832 GACAGGUGUCAUAUCCUUUGUGCUCUCAUUUAGAGCUUGCACAGCCAAUUCCAUGGCGGCAAAUUUGGCACCAUGUGGGUGGCUGCCUG ..(((((............((((.(((.....)))...))))(((((.(..(((((.(.((....)).).)))))..).)))))))))) ( -32.60) >canFam1.chr12/47436510-47436420 GACAGGUGUCAUAUUCUCUGUGCUCUCUUUCAGAGCUUGCACAGACAACUCCAUGGUGGCAAAUUUGGCACUAUGUGGGUGGCUGCCCG ....((((((((....(((((((.(((.....)))...)))))))...(..(((((((.((....)).)))))))..)))))).))).. ( -33.80) >mm5.chr9/87743174-87743093 GACAGGUGUCACAGCCCCUGCGCUCUUGUUCUGCAGUCCCACAGUGGCACAUUUGGCACUAUGUGGGUGGCUGGCUGCCUC ...(((((.(.(((((.(((((.........))))).(((((((((.((....)).)))..)))))).)))))).))))). ( -30.20) >rn3.chr8/92560562-92560469 GACAGGUGUCACAUCCUCCACACUAGUGUUUAGUGCUUGCACAGCCAGUCCCACAGUGGCACAUUUGGCACUAUGUGGGUGGCUGGCCGCCUC ...(((((............((((((...))))))...((.((((((..(((((((((.((....)).)))..))))))))))))))))))). ( -34.70) >galGal2.chr3/32843239-32843343 GGCAGGUGUCAUGGGUCUUUGAGGCUAAGCUUUAAGGCCUAUUUUGGUAGAUCGACAAGUUGAUCUCUUGGUGGCAUUUUGGUACUAGGUGGGUGGCAGACAG .....((((((((((((((.(((((...)))))))))))))..(..(.(((((((....))))))).)..)))))))((((.((((.....)))).))))... ( -31.60) >consensus GACAGGUGUCAU______________AUCCUCUGCGCUCUCGUUUAG_AGCUUGCACAGCCAAUCCCAUGGUGGCAAAUUUGGCACUAUGUGGGUGGCUGCCCG____ (((....)))..............................................((((((.((((((((((.((....)).))))))).)))))))))........ (-18.28 = -18.28 + -0.00)