Structure #162988
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr6 |
Strand | + |
Position | 99,701,979 - 99,702,098 |
Number of sequences | 5 |
Organisms | human, dog, mouse, rat, chicken |
Mean pairwise identity | 86.35 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -48.52 |
Consensus MFE | -38.72 |
Combinations/base pair | 52 / 40 = 1.30 |
SCI | 0.8 |
z-score | -3.84 |
RNA class probability | 0.999157 |
This structure is part of cluster 90290
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 5 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 86.35 Mean single sequence MFE: -48.52 Consensus MFE: -38.72 Energy contribution: -40.28 Covariance contribution: 1.56 Mean z-score: -3.84 Structure conservation index: 0.80 SVM decision value: 3.40 SVM RNA-class probability: 0.999157 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr6/99701979-99702098 GGGAGCUUCAUUUACAUGCAUGUGGGGAUCCCAUCGGAUCUGUUCAAAGGUACAGUCCGAGGCAGUCAGAUGGCAUCCAAUGUGCAUGUAAAUGAAGCUCCCAAAGUGGGGUGUAGGCU (((((((((((((((((((((((..((((.(((((.((.(((((....((......))..))))))).))))).)))).)))))))))))))))))))))))................. ( -61.20) >canFam1.chr12/60324105-60324224 GGGAGCUUCAUUUACAUGCAUGUGGGGAUCCCAUCGGAUCUGCUCAAAGGUACAGUCCGAGGCAGUCAGACGGCAUCCGAUGCGCAUAUAAAUGAAGCUCCCCAAGUGGGGUGUAGGCU ((((((((((((((.((((..((.(((...((.(((((.(((..(....)..))))))))))..(((....))).))).))..)))).))))))))))))))................. ( -47.10) >mm5.chr4/132112637-132112518 GGGAGCUUCAUUGACAUGCAUGUGGGGAUCCCACAGGAUCUGCUCAAAGGUACAGUCCAAGGCAGUCAGACAGCAUUGGAUGUGCAUGCAAAUGAGGCUCCUAAGGUGGGGUGAAGGCU ((((((((((((..((((((((.(.((((((....)))))).).).........((((((.((.(.....).)).)))))))))))))..))))))))))))................. ( -47.70) >rn3.chr5/136237179-136237060 GGGAGCUUCAUUGACAUGCAUGUGGGGAUCCCGCUGGAUCUGCUCAAAGGUACAGUCCAAGGCAGUCAGACAGCAUUGGAUGUGCAUGCAAAUGAGGCUCCUAAGGUGGGGUGCAGGCU ((((((((((((..((((((((.(.((((((....)))))).).).........((((((.((.(.....).)).)))))))))))))..))))))))))))................. ( -47.50) >galGal2.chr3/887-767 GGGAGCCUCAUUUACAUGCAUAUGGGUAUCUGAUUGGAUCUGUUCAAAGGUACAGUAGGAGUCAGUCAGAUUGCAUAUGAUGUGCAUAUCAAUGAAGUUCCCAAAGUGGGGUGUGAUGCU ((((((.((((((((((.((((((.(.((((((((((..((((........))))......))))))))))).)))))))))))......))))).)))))).................. ( -39.10) >consensus GGGAGCUUCAUUUACAUGCAUGUGGGGAUCCCAUCGGAUCUGCUCAAAGGUACAGUCCGAGGCAGUCAGACAGCAUCCGAUGUGCAUGUAAAUGAAGCUCCCAAAGUGGGGUGU_AGGCU ((((((((((((.((((((((((..((((.(((((.((.(((((....((......))..))))))).))))).)))).)))))))))).)))))))))))).................. (-38.72 = -40.28 + 1.56)