Structure #170968
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr7 |
Strand | + |
Position | 72,754,002 - 72,754,119 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, mouse, rat, dog |
Mean pairwise identity | 80.97 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -49.32 |
Consensus MFE | -38.88 |
Combinations/base pair | 46 / 36 = 1.28 |
SCI | 0.79 |
z-score | -1.81 |
RNA class probability | 0.841935 |
This structure is part of cluster 94898
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 80.97 Mean single sequence MFE: -49.33 Consensus MFE: -38.88 Energy contribution: -39.38 Covariance contribution: 0.50 Mean z-score: -1.81 Structure conservation index: 0.79 SVM decision value: 0.75 SVM RNA-class probability: 0.841935 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr7/72754002-72754119 CAGCCCAGCCUAGGGCCGCCCGCCUGGCUGGGGCUGCCUCAUGCCUCUGCUAUGCUCUCCCCACAACCCCCAGGGAGGGGGGCUGGCCCCAGCCCCGAUGAUUCAGGCCCCCUGACA .....(((....(((((....((.((((.(((((........))))).)))).))((((((...........))))))(((((((....))))))).........))))).)))... ( -53.00) >mm5.chr5/16902024-16901910 CAGCCCAGCCUGGGGCUGCUUGCCUGGGCUUGGGUACUGUCUCAUGCAUUUGCUAUGUCUUCUCUCCCCCAGGAGGGGGCUGGCCACAGUCUGGAUGAUUCAGGUCUCCUGACA ..((((((((..((.(.....)))..))).))))).(((..((((.((.............((((((....))))))(((((....))))))).))))..)))(((....))). ( -46.80) >rn3.chr12/22765101-22765215 CAGCCCAGCCUGGGGCCGCUUGCCUGGGCUUGGGUACUGUCUCAUGCAUUUGCUAUGUCUUCUCUCCCCCAGGAGGGGGCUGGCCCUAGCCUGGAUGAUUCAGGUCUCCUGACA ((..((((.((((((((((((.((((((...(((....(...(((((....)).))).)..)))...))))))...)))).)))))))).)))).))..(((((...))))).. ( -48.70) >canFam1.chr6/69923951-69923843 CAGCCCAGUCCAGGGCCGCCUGCCUGGCCCGGGCUGCCUCAUACCUCUGCUAUGCUCUCCCCCCGGGAGGGGGCUGGCCCUGGCCCCGAUGAUUCAGGCCCCCUGACA .......(((.((((..((((....((((.((((((((((........((...)).(((((...)))))))))).))))).))))..((....)))))).))))))). ( -48.80) >consensus CAGCCCAGCCUAGGGCCGCCUGCCU_GGCUUGGG__CUGCCUCAUGCAUCUGCUAUGCCCUCUCU____CCCCCAGG__AGGGGGCUGGCCCCAGCCCCGAUGAUUCAGGCCCCCUGACA ((..((((.((((((((((((.(((...((((((...........((((.....)))).............))))))..))))))).)))))))).)))).))..(((((...))))).. (-38.88 = -39.38 + 0.50)