Structure #172638
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr7 |
Strand | + |
Position | 101,021,478 - 101,021,586 |
Number of sequences | 5 |
Organisms | human, dog, mouse, rat, chicken |
Mean pairwise identity | 77.81 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -38.69 |
Consensus MFE | -23.12 |
Combinations/base pair | 39 / 31 = 1.26 |
SCI | 0.6 |
z-score | -2.79 |
RNA class probability | 0.996624 |
This structure is part of cluster 95813
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 5 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 77.81 Mean single sequence MFE: -38.69 Consensus MFE: -23.12 Energy contribution: -24.00 Covariance contribution: 0.88 Mean z-score: -2.79 Structure conservation index: 0.60 SVM decision value: 2.72 SVM RNA-class probability: 0.996624 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr7/101021478-101021586 CCCAGCAGGCAAUGACAUCUGGUAACCCCAUUGUCUGCUAUCUGCAGGGAAGAAAGUGUUAGACACGAGGGCAGAUGGAGUUUGCCUAACGUGUCUGUUCUCUUCUUU (((.(((((((..((((..(((.....))).)))))))...)))).)))(((((((...((((((((.((((((((...))))))))..))))))))..)).))))). ( -40.60) >canFam1.chr6/68165203-68165094 CCAAGCAGGCAAUGACAUCUGGUAACCCCAUUGUCUGCUAUCUGCAGGGAGAAAAGUGUUAGACUCGAGGGGCAGAUGGAGUUUGCCUAGCGUGUCUGUUCUCUUCUCU ...(((((((((((..............)))))))))))........((((((.((...(((((.((..((((((((...))))))))..)).)))))..)).)))))) ( -42.34) >mm5.chr5/144-32 CCAAGCAGGCAAUGACAUCUGGUAAACUCAUUGUCUGCUAUUCUGUGGGGAAAGAAAAGUGUUAGACAGAGAAGCCAGAGGCAGUUUGCCUAACGUGUCUUCUCUCUUCUCU ...((((((((((((............)))))))))))).......((((((.((...((.....)).((((((.((.((((.....))))....)).)))))))))))))) ( -35.10) >rn3.chr12/31-143 CCAAGCAGGCAAUGACAUCUGGUAAACCCAUUGUCUGCUAUUCUGUGGGGAAAGAAAAGUGUUAGACAGAGAAGCCAGAGGCAGUUUGCCUAACAUGUCUUCUCUCUUCUCU ...(((((((((((......((....))))))))))))).......(((..((((...(((((((.((((...(((...)))..)))).))))))).))))..)))...... ( -36.60) >galGal2.chr19/3617459-3617579 CCAGGCAAACCAAGACAUCUGAUUAUGCCAUUGUAUCCUGUUUGGCAAAAGAGAGAGUGAAGGAAAGUGAUAGACAUGAGGGGCAGAUGGAGUUUGCCUAAUGUGUCUGUUCUUUUCUUC ...((((.....((....)).....))))......((((.(((....))).)).))..(((((((((.((((((((((..((((((((...))))))))..))))))))))))))))))) ( -38.80) >consensus CCAAGCAGGCAAUGACAUCUGGUAAACCCAUUGUCUGCUAUUCUGCAGGGAA________AGAAAAGUGUUAGACAGAGAGGGCAGAUGGAGUUUGCCUAACGUGUCUGUUCUCUUCUCU ...(((((((((((..............))))))))))).....(.((((((..................((((((....(((((((.....)))))))....)))))))))))).)... (-23.12 = -24.00 + 0.88)