Structure #174115
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr7 |
Strand | + |
Position | 126,489,310 - 126,489,428 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, mouse, rat, dog |
Mean pairwise identity | 75.85 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -43.45 |
Consensus MFE | -28.08 |
Combinations/base pair | 51 / 38 = 1.34 |
SCI | 0.65 |
z-score | -2.26 |
RNA class probability | 0.987136 |
This structure is part of cluster 96693
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 75.85 Mean single sequence MFE: -43.45 Consensus MFE: -28.08 Energy contribution: -28.21 Covariance contribution: 0.13 Mean z-score: -2.26 Structure conservation index: 0.65 SVM decision value: 2.07 SVM RNA-class probability: 0.987136 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr7/126489310-126489428 GAGGGCAGCAGCCUGGUGCUCUAGUGGGCCCAUUUUAAUAAUAAGGGCAAUAAGGCUGGCUGUGGCUUUGGAAGCCUAAGGAGGCCGAGUGAGCCUCUUGGGGAAGAAAUGCCUAAUG ....((((((((((..((((((((((....)))).........))))))...))))).)))))(((.((.....(((.(((((((.......))))))).)))....)).)))..... ( -44.20) >mm5.chr6/27990156-27990268 GAGGGCAAUGCUCUAGUGGGCCCAUUUCCAUAAUGAGGACAACACAGCUGGCUGUGGCUUUGGAUGGUUUUGACAAGGCCCAGUAAGCUGCUAAGGAGAGAAGUGGCUAACG .(((((...))))).((.(((((.(((((.......(.....).(((((.((((.(((((((...........))))))))))).)))))....)))))...).)))).)). ( -39.30) >rn3.chr4/55164980-55165091 GAGGGCAAUGCUCUAGUGGGCCCAUUUCCAUAAUGAGGACAACAUAGCUGGCUGUGGCUUUGGACGGUUUGACAAGGCCCAGUAAGCUGCUAGGGAGAGAAGUGGCUAACG .(((((...))))).((.(((((.(((((.......(.....).(((((.((((.(((((((..........))))))))))).)))))....)))))...).)))).)). ( -37.50) >canFam1.chr14/52018040-52017922 GAGGCCAGCACCCUGGCACUCUGGUGGGCCCAUUUCAGAUAUGAGGACAGCACAGUUGGUUGUGGCUUUGGAGGCCUGACAAGGCUAAGUGAGCUGCUCAGGGGAGAAGGGCCUAGCG ((((((((....))))).))).(.(((((((.((((.....((((..((((.((.((((((..((((.....))))......)))))).)).))))))))...)))).))))))).). ( -52.80) >consensus GAGGGCA________AUGCUCUAGUGGGCCCAUUUCAAUAAUGAGGACAACACAGCUGGCUGUGGCUUUGGAAG__CCUGACAAGGCCCAGUAAGCUGCUAAGGAGAGAAGUGCCUAACG .((((((.(.....).)))))).((.((((.(((((.....((((.......(((((.((((.(((((((...........))))))))))).))))))))).....))))))))).)). (-28.08 = -28.21 + 0.13)