Structure #192504
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr9 |
Strand | + |
Position | 125,537,226 - 125,537,345 |
Number of sequences | 5 |
Organisms | human, dog, mouse, rat, chicken |
Mean pairwise identity | 93.78 |
Columns | 119 |
Mean single MFE | -33 |
Consensus MFE | -28.22 |
Combinations/base pair | 39 / 35 = 1.11 |
SCI | 0.86 |
z-score | -2.48 |
RNA class probability | 0.99804 |
This structure is part of cluster 107113
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 5 Slice: 1 to 119 Columns: 119 Strand: + û `?w Mean pairwise identity: 93.78 Mean single sequence MFE: -33.00 Consensus MFE: -28.22 Energy contribution: -27.86 Covariance contribution: -0.36 Mean z-score: -2.48 Structure conservation index: 0.86 SVM decision value: 2.99 SVM RNA-class probability: 0.998040 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr9/125537226-125537345 AACAUGGUCACCUCUUUAUAUGGCACCUGUGGGCCUUUUCAGCUGUCAUUGCAAAGAGUGCAAUAUCAAUUUGAACAGAUGACAAAGUGCUGUCAUUUUUCAUUCUGAUAAUAUACAGA ......(.(((.(((((..((((((.(((..........))).))))))...)))))))))..(((((...((((.((((((((......))))))))))))...)))))......... ( -28.80) >canFam1.chr9/3624418-3624299 AACAUGGUCACCUCUUUAUAUGGCACCUGUGGGCCUUUUCAGCUGUCAUUGCAUAGAGUGCAAUAUCAAUUUGAACAGAUGACAAAGUGCUGUCAUUUUUCAUUCUGAUAAUAUACAGA ............(((.(((((.((((((((((((.......))).......))))).))))..(((((...((((.((((((((......))))))))))))...)))))))))).))) ( -28.31) >mm5.chr2/147310423-147310304 AACAUGGUCACCUCUUUAUAUGGCACCUGUGGGCCUUUUCAGCUGUCAUCCUGAAGAGUGCAGUAUCAAUUUGAGCAGAUGACAAAGUGCUGUCAUUUUUCAUUCUGAUAAUACACAGA ......((((..........))))..(((((.((((((((((........)))))))).))..(((((...((((.((((((((......))))))))))))...)))))...))))). ( -33.90) >rn3.chr3/157625411-157625292 AACAUGGUCACCUCUUUAUGUGGCACCUGUGGGCCUUUUCAGCUGUCAUCCUGAAGAGUGCAGUAUCAAUUUGAGCGGAUGACAAAGUGCUGUCAUUUUUCAUUCUGAUAAUACACAGA ......(((((........)))))..(((((.((((((((((........)))))))).))..(((((...((((.((((((((......))))))))))))...)))))...))))). ( -36.80) >galGal2.chr17/9903342-9903223 AACAUGGUCACCUCUUUAUAUGGCACCUGUGGGCCUUUUCAGCUGUCACUGCAAAGAGUGCAAUAUCAAUUUGAACAGAUGACAAAGUGUUGUCAUUUUUCAUUCUGAUAUUGCACUGA .(((.(((..((.........)).))))))....((((.(((......))).))))((((((((((((...((((.(((((((((....)))))))))))))...)))))))))))).. ( -37.20) >consensus AACAUGGUCACCUCUUUAUAUGGCACCUGUGGGCCUUUUCAGCUGUCAUUGCAAAGAGUGCAAUAUCAAUUUGAACAGAUGACAAAGUGCUGUCAUUUUUCAUUCUGAUAAUACACAGA ......(.(((.(((((..((((((.(((..........))).))))))...)))))))))..(((((...((((.((((((((......))))))))))))...)))))......... (-28.22 = -27.86 + -0.36)