Structure #194774
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chrX |
Strand | + |
Position | 20,510,387 - 20,510,503 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, mouse, rat, dog |
Mean pairwise identity | 81.98 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -32.96 |
Consensus MFE | -25.1 |
Combinations/base pair | 48 / 37 = 1.30 |
SCI | 0.76 |
z-score | -2.35 |
RNA class probability | 0.972823 |
This structure is part of cluster 108394
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 81.98 Mean single sequence MFE: -32.96 Consensus MFE: -25.10 Energy contribution: -25.85 Covariance contribution: 0.75 Mean z-score: -2.35 Structure conservation index: 0.76 SVM decision value: 1.70 SVM RNA-class probability: 0.972823 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chrX/20510387-20510503 CAGUAAUUGAGGGCUUCCAAAUUCUCUGUGGGUGUUAGAGCUUCUGUUUUCUAAUGGUAGAGAAGGGAAUGUUUUGUUUUGUCAGAAUUAGCUUUUGUGGGGGCUUUCAAAUACUU .((((.((((((((((((......(((((..(...((((((((((.(((((((....))))))).)))).)))))).)..).))))....((....)))))))))))))).)))). ( -37.70) >mm5.chrX/11994627-11994507 UAGUCACUAACAGCCUCUAAAUUUUCUGUGGGUGUCAGAACUUCUGUUUCCUAAUGUUGGAGAAGAAAAUGUUUUGCUUUGUUUUUCAGAAUUCAUUUUUGUGAGAGCUUUCAAAUACCC .........((((............))))((((((((((((((((.(((((.......)))))))))...))))))....(((((((((((.....))))).))))))......)))))) ( -22.90) >rn3.chrX/57582250-57582370 UAGUCACAAACGGCCUCCAAAUUUUCUGUGGGUGUCAGAGCUUCUGUUUCCUAAUGUUGGAGAAGAGAAUGUUUUGCUUUGUUUUUCAGAAUUCGUUUUUGUGGAGGCUUUCAAACACUC ...........((((((((....(((((..((...((((((((((.(((((.......)))))..))))......)))))).))..)))))..........))))))))........... ( -30.44) >canFam1.chrX/16483951-16484067 CUGUCAUUGAGGGCUUCCAAAUUCUCGGUGGGUGUUAGAGCUUCUGUCUUCUAAUGGUAGAGGAGAGAAUGUUUUGUCUUGUCAGAAUUAGCUUUUGUGGGAGUUUUCAAAUACUC ......((((((((((((.((((((.((..((...((((((((((.(((((((....))))))).)))).)))))).))..)))))))).((....))))))))))))))...... ( -40.80) >consensus CAGUCACUAACGGCCUCCAAAUUCUCUGUGGGUGUCAGAGCUUCUGUUUCCUAAUGGUAGAGAAGAGAAUGUUUUGCUUUG____UCAGAAUUAGCUUUUGUGGGAGCUUUCAAAUACUC ..((..(((((((((((((................((((((((((.(((((((....))))))).)))).))))))..........(((((.....))))))))))))))))))..)).. (-25.10 = -25.85 + 0.75)