Structure #196500
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chrX |
Strand | - |
Position | 40,146,822 - 40,146,941 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, mouse, rat, dog |
Mean pairwise identity | 76.68 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -47.78 |
Consensus MFE | -24.6 |
Combinations/base pair | 43 / 34 = 1.26 |
SCI | 0.51 |
z-score | -2.77 |
RNA class probability | 0.979585 |
This structure is part of cluster 109345
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 76.68 Mean single sequence MFE: -47.78 Consensus MFE: -24.60 Energy contribution: -27.48 Covariance contribution: 2.87 Mean z-score: -2.77 Structure conservation index: 0.51 SVM decision value: 1.84 SVM RNA-class probability: 0.979585 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chrX/40146941-40146822 ACAAAUCACAAGGCAAAUUGAGGCCAGUCAGUUUCUGGGUGAACCCGGCAACAGUUCCACUGCGGGUGUAAGGGUGGUAUUGCUGAUGCGCGGGCCUGUGGGGUCACCCACACAAAGCC ...........(((......(((((.(((((...(((((....)))))...((((.(((((.(........)))))).))))))))).....)))))(((((....))))).....))) ( -44.30) >mm5.chrX/10857172-10857055 ACAGAUCAUGAGGCAAUUUGAAGCCAGGCUGUUUUAGGUCAAACCCAGCAACAGUUUGGCUGUGGGCUAAAGUGUUGGCCAGGCUGGGCGUGGGCCUGGCGGUCCAUGCACAAAGCC .(((((.........))))).((((((((((((((.((.....)).)).))))))))))))...((((((....)))))).((((..(((((((((....)))))))))....)))) ( -48.70) >rn3.chrX/138366802-138366919 ACAGAUCAUGAGGCAAUUUGAGGCCAGGCUGUUUUAGGUUAAACCCAGCAACAGUUUGGCUGUGGGCUAGAGAGUUGGCCAGGCUGGGCGUGGGUCUGGCGAUCCAUGCACAAAGCC .(((((.........))))).((((((((((((((.((.....)).)).))))))))))))...((((((....)))))).((((..(((((((((....)))))))))....)))) ( -46.40) >canFam1.chrX/34821394-34821275 ACAAAUCACAAGGCAAAUUGAGUCCAGUCUGUUUCUGGGUGAACCCAGAAACAGUUUCAUUGUGGGCUUAAGGGUGGGAUUGCUACGGCGCAGGCCUGUGGGGUCACCCGCACAAAGCC ...........(((...((((((((((.(((((((((((....)))))))))))...)....)))))))))..(((((...((....))...((((.....)))).))))).....))) ( -51.70) >consensus ACAAAUCACAAGGCAAAUUGAGGCCAGGCUGUUUCAGGGUAAACCCAGCAACAGUUUCACUGUGGGCUAAAGGGU_GGCAAGGCUGG_GCGCGGGCCUGGCGGGCCAC__GCACAAAGCC ...........(((.......((((((((((((.((((......)))).))))))))))))..(((((...(.((.((.....))...)).).)))))(((((....))))).....))) (-24.60 = -27.48 + 2.87)