Structure #198299
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chrX |
Strand | + |
Position | 68,326,811 - 68,326,931 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, mouse, rat, dog |
Mean pairwise identity | 84.03 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -50.35 |
Consensus MFE | -38.85 |
Combinations/base pair | 48 / 35 = 1.37 |
SCI | 0.77 |
z-score | -2.37 |
RNA class probability | 0.96475 |
This structure is part of cluster 110219
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 84.03 Mean single sequence MFE: -50.35 Consensus MFE: -38.85 Energy contribution: -37.48 Covariance contribution: -1.37 Mean z-score: -2.37 Structure conservation index: 0.77 SVM decision value: 1.56 SVM RNA-class probability: 0.964750 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chrX/68326811-68326931 CUGCCUGCAUCUGCUCAGGGCUUAAUGGUCAUUUGAGCUGUCUCUGGGGACGGAGGAUGGGGCUUCCACGGACUGCCUGGCUCCAGGCAACAGCCUGCAUCCUGAGGGAGGCCAGAGGAG ...(((.((((.(((((.((((....))))...)))))...(((((....))))))))).(((((((..(((.(((..((((...(....))))).))))))....)))))))..))).. ( -52.30) >mm5.chrX/91015899-91016019 CUGUGUGUGUCUGCUCAGAAGUUAAUGGUCAUUUGAGCUGUCUCUGGGGACAGAGAAUGGGGUUGCCAUGGACUGCCUGGCUCCAGGCUUCAGCCUGGGUCUUGAGGGAGGCCAGGAGAG (((.((......)).))).((((.(((((.((((.(....((((((....)))))).).)))).))))).)))).(((((((((((((....)))))).(((....)))))))))).... ( -50.90) >rn3.chrX/87692691-87692811 CUGUGUGUGUCUGCUCAGAAGUUAAUGGUCAUUUGAGCUGUCUCUGGGGACAGAGAAUGGGGCUGUCAUGGACUGCCUGGCUCCAGGCUGCAGCCUGGGUCUUGAGGGAGGCCAGGAGAG (((((...(((((((((((.(........).)))))))..((((((....))))))...))))...))))).((.(((((((((((((....)))))).(((....)))))))))))).. ( -52.80) >canFam1.chrX/56543212-56543332 CUGCCUACAUCUGCUCAAAGCUUAAUGGUCAUUUGAGCUGUUUCUAGGGAGGGAGGAUGGGGCUUCCAUGGCUUUCCUGGUUCCAGGAAGCAGCUUGGGUCCUGAGGGAAACCAGGAGAU ..((((.(((((((((((((((....)))..)))))))..(..((....))..)))))))))).((((.((((((((((....))))))..))))))))((((..((....))))))... ( -45.40) >consensus CUGCCUGCAUCUGCUCAGAACUUAAUGGUCAUUUGAGCUGUCUCUGGGGACAGAGAAUGGGGCUGCCAUGGACUGCCUGGCUCCAGGCAGCAGCCUGGGUCCUGAGGGAGGCCAGGAGAG ..((((......(((((((............)))))))..((((((....))))))...)))).........((.(((((((((((((....)))))).(((....)))))))))))).. (-38.85 = -37.48 + -1.37)