Structure #198941
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chrX |
Strand | + |
Position | 73,740,411 - 73,740,531 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, dog, mouse, rat |
Mean pairwise identity | 86.81 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -35.2 |
Consensus MFE | -28.29 |
Combinations/base pair | 51 / 38 = 1.34 |
SCI | 0.8 |
z-score | -2.28 |
RNA class probability | 0.947721 |
This structure is part of cluster 110520
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 86.81 Mean single sequence MFE: -35.20 Consensus MFE: -28.29 Energy contribution: -26.48 Covariance contribution: -1.81 Mean z-score: -2.28 Structure conservation index: 0.80 SVM decision value: 1.35 SVM RNA-class probability: 0.947721 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chrX/73740411-73740531 CAAGAACACAGGCUUGUUCAUUUUACGACCCAGCUGUAAGGAAUAGAGCAGGCUGGUGAAAGGAAUCAUGGACCGGGAAGUGUAUAUACUUAUAUACAUGACAGGCUUCCUUCCAUUUCU ......(((.(((((((((.(((((((.......)))))))....))))))))).)))...((((..(((((..(((((((((((((....)))))).......)))))))))))))))) ( -34.71) >canFam1.chrX/60976082-60976202 CAAGAACACAGGCUUGUUCAUUUUACUACCUAGUUAUAAGUAGUAGAGCAGGCUGGUGAAAGGAAUCAUGAACUGGGAAGUGUAUGUACUUAUAUAUGUGACAGGCUUCCUUCCAUUUCU ..(((((((.(((((((((....((((((.((....)).))))))))))))))).)))...(((..........(((((((.(...(((........)))..).))))))))))..)))) ( -34.50) >mm5.chrX/95484996-95485116 CUAGAUCAUGGGCUUGUUCAUUUUCCUACCUAGCUGUAAGUAGUAGAGUAAGCUGGUGAAAGGAAUCAUGGGCUGGGAAAUGUGUAUGUUUAUAUACAUGAUAGGCUCCCUUCCAUUUCU .........(((((((((((((((((((((((.(((....)))))).)))((((.((((......)))).))))))))))))((((((....)))))).)))))))))............ ( -32.90) >rn3.chrX/92147482-92147602 CUAGAUCAUGGGCUUGUUCAUUUUACUACCUAGUGGUAAGUAGUAGAGUAAGCUGGUGAAAGGAAUCAUGGACUGGGGAAUGUGUAUACUUAUAUACAUGAUAAGCUCCCUUCCAUUUCU .....((((.(((((((((...((((((((....))).)))))..))))))))).))))..((((..(((((..((((.((((((((....))))))))......))))..))))))))) ( -38.70) >consensus CAAGAACACAGGCUUGUUCAUUUUACUACCUAGCUGUAAGUAGUAGAGCAAGCUGGUGAAAGGAAUCAUGGACUGGGAAAUGUAUAUACUUAUAUACAUGACAGGCUCCCUUCCAUUUCU ..(((.(((.(((((((((....((((((..........))))))))))))))).)))...((((....(((((.....((((((((....))))))))....)).))).))))...))) (-28.29 = -26.48 + -1.81)