Structure #204954
Summary
| Genome/Assembly | hg17 |
| Chromosome/Contig | chrX |
| Strand | - |
| Position | 151,028,615 - 151,028,747 |
| Number of sequences | 5 |
| Organisms | human, dog, mouse, rat, chicken |
| Mean pairwise identity | 76.57 |
| Columns | 143 |
| Mean single MFE | -63.36 |
| Consensus MFE | -51.26 |
| Combinations/base pair | 60 / 43 = 1.40 |
| SCI | 0.81 |
| z-score | -5.61 |
| RNA class probability | 0.996035 |
This structure is part of cluster 113776
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 5 Slice: 1 to 143 Columns: 143 Strand: + Mean pairwise identity: 76.57 Mean single sequence MFE: -63.36 Consensus MFE: -51.26 Energy contribution: -49.74 Covariance contribution: -1.52 Mean z-score: -5.61 Structure conservation index: 0.81 SVM decision value: 2.64 SVM RNA-class probability: 0.996035 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chrX/151028747-151028615 CUGAGAAGCACCCCCGAGAGACCUGUAUUGGGACCAGGAGUGGGCAGCCUAUAGCCUGCAAGAACUGGGCAGGGCUAUGUGCUAUGCACUGGGGUCAUCAAUCCAGUUCUCAACUGGAGUGCUUCUUGGCAA (..((((((((((....((((.(((.(((((((((...((((.(.(((.((((((((((.........))).))))))).))).).))))..)))).))))).))).))))....)).))))))))..)... ( -59.50) >canFam1.chrX/123202917-123202784 CUGGGAAGCACUCCCUGAGAGAACUGUAUUGGAACCAGGAGUGGGCAGCCUGCAGCCUGUGGGAACUGGCCAAGGCUGUGUGCUAUUCACUGGGGUCAUCAAUCCAAUUCUCAACUGGAGUGCUUCUUGGCAA (..(((((((((((....(((((.((.((((((.(((((((((((((((((...(((.((....)).)))..)))))))...)))))).))))..))..)))).)).)))))....)))))))))))..)... ( -62.90) >mm5.chrX/64003536-64003403 CUGAGAAGCACUUCCUGAGAGAUCUGUAUUGGGACCAGAAGUGAGUAGCCUGUAGCCCGCAGGAACUCAGCAGGGCUAUGUUCUAUUCACUGGGGUCAUCAAUACAAUUCUCAACUGGAGUGCUUCUUGGUAA (..(((((((((((....((((..((((((((((((...(((((((((..((((((((((.........)).))))))))..)))))))))..)))).))))))))..))))....)))))))))))..)... ( -68.10) >rn3.chrX/158478919-158478786 CUGGGAAGCACUUCCUGAGAGAUCUGUAUUGGGACCAGAAGUGAACAGCCUGUAGCCCGCAGGAACUCAGCAGGGCUAUGCUCUAUUCACUGGGGUCAUCAAUCCAAUUCUCAACUGGAGUGCUUCUUGGUAA (..(((((((((((....((((..((.(((((((((...((((((.((..((((((((((.........)).))))))))..)).))))))..)))).))))).))..))))....)))))))))))..)... ( -59.40) >galGal2.chr4/80061974-80062114 GUGGAGUGACAGAAGAAACGCUGCACAAGAGAACUGCGCUGGGACCAGGAGUGGGUAGCAUGCAGCCCCAUAGCACUUCAGGAGGCUGGGUGUUACUUACUGGGGUUCCCAGUUCAGGUCUUGACUGGAGCGGUUCUUGA (((.((((..........)))).)))..((((((((((((((((((...((((((((((((.(((((((...........)).))))).))))))))))))..)).)))))))((((.......)))).))))))))).. ( -66.90) >consensus CUG__________AGAAGCACUCCCUGAGAGAACUGUAUUGGGACCAGGAGUGGGCAGCCUGUAGCCCGCAGGAACUCAGCAGGGCUAUGUGCUAUUCACUGGGGUCAUCAAUCCAAUUCUCAACUGGAGUGCUUCUUGGCAA .............(((((((((((....((((..((.(((((((((...((((((.(((.((((((((..............)))))))).))).))))))..)))).))))).))..))))....)))))))))))...... (-51.26 = -49.74 + -1.52)
Consensus structure
Secondary structure graph
Montain plot
Dotplot
