RNAlib-2.0.7
H/params.h
Go to the documentation of this file.
00001 #ifndef __VIENNA_RNA_PACKAGE_PARAMS_H__
00002 #define __VIENNA_RNA_PACKAGE_PARAMS_H__
00003 
00004 #include "energy_const.h"
00005 #include "data_structures.h"
00006 
00007 #ifdef __GNUC__
00008 #define DEPRECATED(func) func __attribute__ ((deprecated))
00009 #else
00010 #define DEPRECATED(func) func
00011 #endif
00012 
00028 paramT *scale_parameters(void);
00029 
00044 paramT *get_scaled_parameters(double temperature,
00045                               model_detailsT md);
00046 
00047 paramT *get_parameter_copy(paramT *par);
00048 
00055 pf_paramT *get_scaled_pf_parameters(void);
00056 
00079 pf_paramT *get_boltzmann_factors( double temperature,
00080                                   double betaScale,
00081                                   model_detailsT md,
00082                                   double pf_scale);
00083 
00092 pf_paramT *get_boltzmann_factor_copy(pf_paramT *parameters);
00093 
00099 pf_paramT *get_scaled_alipf_parameters(unsigned int n_seq);
00100 
00107 PUBLIC pf_paramT *get_boltzmann_factors_ali(unsigned int n_seq,
00108                                             double temperature,
00109                                             double betaScale,
00110                                             model_detailsT md,
00111                                             double pf_scale);
00112 
00113 DEPRECATED(paramT     *copy_parameters(void));
00114 DEPRECATED(paramT     *set_parameters(paramT *dest));
00115 DEPRECATED(pf_paramT  *scale_pf_parameters(void));
00116 DEPRECATED(pf_paramT  *copy_pf_param(void));
00117 DEPRECATED(pf_paramT  *set_pf_param(paramT *dest));
00118 
00119 
00120 
00121 #endif