RNAlib-2.4.8
char_stream.h
Go to the documentation of this file.
1 #ifndef VIENNA_RNA_PACKAGE_CHAR_STREAM_H
2 #define VIENNA_RNA_PACKAGE_CHAR_STREAM_H
3 
16 #include <stdarg.h>
17 
18 /* below is our own implementation of a dynamic char * stream */
19 typedef struct vrna_cstr_s *vrna_cstr_t;
20 
21 vrna_cstr_t
22 vrna_cstr(size_t size,
23  FILE *output);
24 
25 
26 void
27 vrna_cstr_free(vrna_cstr_t buf);
28 
29 
30 void
31 vrna_cstr_close(vrna_cstr_t buf);
32 
33 
34 void
35 vrna_cstr_fflush(struct vrna_cstr_s *buf);
36 
37 
38 const char *
39 vrna_cstr_string(vrna_cstr_t buf);
40 
41 
42 int
43 vrna_cstr_vprintf(vrna_cstr_t buf,
44  const char *format,
45  va_list args);
46 
47 
48 int
49 vrna_cstr_printf(vrna_cstr_t buf,
50  const char *format,
51  ...);
52 
53 
54 void
55 vrna_cstr_message_info(vrna_cstr_t buf,
56  const char *format,
57  ...);
58 
59 
60 void
61 vrna_cstr_message_vinfo(vrna_cstr_t buf,
62  const char *format,
63  va_list args);
64 
65 
66 void
67 vrna_cstr_message_warning(struct vrna_cstr_s *buf,
68  const char *format,
69  ...);
70 
71 
72 void
73 vrna_cstr_message_vwarning(struct vrna_cstr_s *buf,
74  const char *format,
75  va_list args);
76 
77 
78 void
79 vrna_cstr_print_fasta_header(vrna_cstr_t buf,
80  const char *head);
81 
82 
83 void
84 vrna_cstr_printf_structure(struct vrna_cstr_s *buf,
85  const char *structure,
86  const char *format,
87  ...);
88 
89 
90 void
91 vrna_cstr_vprintf_structure(struct vrna_cstr_s *buf,
92  const char *structure,
93  const char *format,
94  va_list args);
95 
96 
97 void
98 vrna_cstr_printf_comment(struct vrna_cstr_s *buf,
99  const char *format,
100  ...);
101 
102 
103 void
104 vrna_cstr_vprintf_comment(struct vrna_cstr_s *buf,
105  const char *format,
106  va_list args);
107 
108 
109 void
110 vrna_cstr_printf_thead(struct vrna_cstr_s *buf,
111  const char *format,
112  ...);
113 
114 
115 void
116 vrna_cstr_vprintf_thead(struct vrna_cstr_s *buf,
117  const char *format,
118  va_list args);
119 
120 
121 void
122 vrna_cstr_printf_tbody(struct vrna_cstr_s *buf,
123  const char *format,
124  ...);
125 
126 
127 void
128 vrna_cstr_vprintf_tbody(struct vrna_cstr_s *buf,
129  const char *format,
130  va_list args);
131 
132 
133 void
134 vrna_cstr_print_eval_sd_corr(struct vrna_cstr_s *buf);
135 
136 
137 void
138 vrna_cstr_print_eval_ext_loop(struct vrna_cstr_s *buf,
139  int energy);
140 
141 
142 void
143 vrna_cstr_print_eval_hp_loop(struct vrna_cstr_s *buf,
144  int i,
145  int j,
146  char si,
147  char sj,
148  int energy);
149 
150 
151 void
152 vrna_cstr_print_eval_hp_loop_revert(struct vrna_cstr_s *buf,
153  int i,
154  int j,
155  char si,
156  char sj,
157  int energy);
158 
159 
160 void
161 vrna_cstr_print_eval_int_loop(struct vrna_cstr_s *buf,
162  int i,
163  int j,
164  char si,
165  char sj,
166  int k,
167  int l,
168  char sk,
169  char sl,
170  int energy);
171 
172 
173 void
174 vrna_cstr_print_eval_int_loop_revert(struct vrna_cstr_s *buf,
175  int i,
176  int j,
177  char si,
178  char sj,
179  int k,
180  int l,
181  char sk,
182  char sl,
183  int energy);
184 
185 
186 void
187 vrna_cstr_print_eval_mb_loop(struct vrna_cstr_s *buf,
188  int i,
189  int j,
190  char si,
191  char sj,
192  int energy);
193 
194 
195 void
196 vrna_cstr_print_eval_mb_loop_revert(struct vrna_cstr_s *buf,
197  int i,
198  int j,
199  char si,
200  char sj,
201  int energy);
202 
203 
204 void
205 vrna_cstr_print_eval_gquad(struct vrna_cstr_s *buf,
206  int i,
207  int L,
208  int l[3],
209  int energy);
210 
211 
216 #endif