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Results for CNB 159932

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment

159932_ENSG00000070915_HUMAN_3284_3370/1-87        TTGCTGCAGCTGGTGTTGTGAATCAGGCCGACGAGCAGCGCATCCTCTTACCCGGCTATT
159932_ENSRNOG00000018607_RAT_4882_4968/1-87       TTGCTGCAGCTGGTGTTGTGAATCAGGCCGACGAGCAACGCATCCTCTTACCCGGCTATT
159932_ENSDARG00000013855_ZEBRAFISH_2676_2760/1-87 -TGCTGCAGCTGGTGTTGTGAATCAGGCCGATGTCACACGTCAGCGATAACCCGGCTATT
159932_ENSMUSG00000031766_MOUSE_5067_5152/1-87     TTGCTGCAGCTGGTGTTGTGAATCAGGCCGACGAGCAGCGCATCCTCTTACCCGGCTATT
                                                    ****************************** *     **    *  * ***********


159932_ENSG00000070915_HUMAN_3284_3370/1-87        TCACGACACCAGGGTTGCATCATACCC
159932_ENSRNOG00000018607_RAT_4882_4968/1-87       TCACGACACCAGGGTTGCACCCTACCC
159932_ENSDARG00000013855_ZEBRAFISH_2676_2760/1-87 TCACAACACCAGGGTGGCACCACACC-
159932_ENSMUSG00000031766_MOUSE_5067_5152/1-87     TCACGACACCAGGGTTGCACCCTACC-
                                                   **** ********** *** *  *** 


//

159932.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 87
 Mean pairwise identity:  87.91
 Mean single sequence MFE: -36.10
 Consensus MFE: -33.64
 Energy contribution: -33.45
 Covariance contribution:  -0.19
 Mean z-score:  -3.77
 Structure conservation index:   0.93
 SVM decision value:   3.18
 SVM RNA-class probability: 0.998679
 Prediction: RNA

######################################################################

>159932_ENSG00000070915_HUMAN_3284_3370/1-87
UUGCUGCAGCUGGUGUUGUGAAUCAGGCCGACGAGCAGCGCAUCCUCUUACCCGGCUAUUUCACGACACCAGGGUUGCAUCAUACCC
.((.((((((((((((((((((...(((((..(((.((......)))))...)))))..)))))))))))..))))))).))..... ( -35.50)
>159932_ENSRNOG00000018607_RAT_4882_4968/1-87
UUGCUGCAGCUGGUGUUGUGAAUCAGGCCGACGAGCAACGCAUCCUCUUACCCGGCUAUUUCACGACACCAGGGUUGCACCCUACCC
.(((.((..(((((((((((((...(((((..(((.........))).....)))))..))))))))))))).)).)))........ ( -33.90)
>159932_ENSDARG00000013855_ZEBRAFISH_2676_2760/1-87
UGCUGCAGCUGGUGUUGUGAAUCAGGCCGAUGUCACACGUCAGCGAUAACCCGGCUAUUUCACAACACCAGGGUGGCACCACACC
(((..(..(((((((((((((...(((((.((((.(......).))))...)))))..))))))))))))).)..)))....... ( -39.80)
>159932_ENSMUSG00000031766_MOUSE_5067_5152/1-87
UUGCUGCAGCUGGUGUUGUGAAUCAGGCCGACGAGCAGCGCAUCCUCUUACCCGGCUAUUUCACGACACCAGGGUUGCACCCUACC
.(((.((..(((((((((((((...(((((..(((.((......)))))...)))))..))))))))))))).)).)))....... ( -35.20)
>consensus
UUGCUGCAGCUGGUGUUGUGAAUCAGGCCGACGAGCAACGCAUCCUCUUACCCGGCUAUUUCACGACACCAGGGUUGCACCAUACC_
.(((..(..(((((((((((((...(((((......................)))))..))))))))))))).)..)))........ (-33.64 = -33.45 +  -0.19) 

159932.rnaz

RNAalifold consensus structure

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