Index >

Results for CNB 194820

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment

194820_ENSG00000078399_HUMAN_1089_1168/1-82        -ACTGGTCGGTGATTTAGGTAGTTTCCTGTTGTTGGGATCCACCTTTCTCTCGACAGCAC
194820_ENSRNOG00000006906_RAT_2321_2401/1-82       -ACTGGTCGGTGATTTAGGTAGTTTCCTGTTGTTGGGATCCACCTTTCTCTCGACAGCAC
194820_ENSDARG00000009461_ZEBRAFISH_4492_4573/1-82 GACTGTCGAGTGGTTTAGGTAGTTTCATGTTGTTGGGATTACATTCAAACTCTGCAACGT
194820_SINFRUG00000149637_FUGU_1294_1375/1-82      GACTGTCGAGTGGTTTAGGTAGTTTCATGTTGTTGGGGTCCATTTCAAACTCTGCAACAT
                                                    ****    *** ************* ********** *     *    ***  ** *  


194820_ENSG00000078399_HUMAN_1089_1168/1-82        GACACTGCCTTCATTACTTCA-
194820_ENSRNOG00000006906_RAT_2321_2401/1-82       GACACTGCCTTCATTACTTCAG
194820_ENSDARG00000009461_ZEBRAFISH_4492_4573/1-82 GAAACTGTCTTAATTGCCCCAG
194820_SINFRUG00000149637_FUGU_1294_1375/1-82      GAAACTGTCTTAATTGCCCCAG
                                                   ** **** *** *** *  ** 


//

194820.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 82
 Mean pairwise identity:  77.39
 Mean single sequence MFE: -30.88
 Consensus MFE: -29.11
 Energy contribution: -29.67
 Covariance contribution:   0.56
 Mean z-score:  -4.60
 Structure conservation index:   0.94
 SVM decision value:   3.73
 SVM RNA-class probability: 0.999566
 Prediction: RNA

######################################################################

>194820_ENSG00000078399_HUMAN_1089_1168/1-82
ACUGGUCGGUGAUUUAGGUAGUUUCCUGUUGUUGGGAUCCACCUUUCUCUCGACAGCACGACACUGCCUUCAUUACUUCA
.......((((((..(((((((.((.(((((((((((..........))))))))))).)).)))))))..))))))... ( -30.50)
>194820_ENSRNOG00000006906_RAT_2321_2401/1-82
ACUGGUCGGUGAUUUAGGUAGUUUCCUGUUGUUGGGAUCCACCUUUCUCUCGACAGCACGACACUGCCUUCAUUACUUCAG
.((((..((((((..(((((((.((.(((((((((((..........))))))))))).)).)))))))..)))))))))) ( -33.00)
>194820_ENSDARG00000009461_ZEBRAFISH_4492_4573/1-82
GACUGUCGAGUGGUUUAGGUAGUUUCAUGUUGUUGGGAUUACAUUCAAACUCUGCAACGUGAAACUGUCUUAAUUGCCCCAG
..(((..(.(..(((.((..(((((((((((((.(((.((......)).))).)))))))))))))..)).)))..)).))) ( -29.30)
>194820_SINFRUG00000149637_FUGU_1294_1375/1-82
GACUGUCGAGUGGUUUAGGUAGUUUCAUGUUGUUGGGGUCCAUUUCAAACUCUGCAACAUGAAACUGUCUUAAUUGCCCCAG
..(((..(.(..(((.((..(((((((((((((.(((............))).)))))))))))))..)).)))..)).))) ( -30.70)
>consensus
_ACUGGCCAGUGAUUUAGGUAGUUUCAUGUUGUUGGGAUCCACCUCAAACUCGACAACACGAAACUGCCUUAAUUACCCCAG
.........((((((.(((((((((((((((((((((............))))))))))))))))))))).))))))..... (-29.11 = -29.67 +   0.56) 

194820.rnaz

RNAalifold consensus structure

PS | PDF	PS | PDF