Index >

Results for CNB 406119

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment

406119_ENSG00000156925_HUMAN_9249_9455/1-209        CCCAATCAGCGGGGGTCGCTCGGCCGCGGCTGCCATGTTCTCCGCTCCGCGCTGCCAATC
406119_ENSMUSG00000005314_MOUSE_9261_9468/1-209     CCCAATCAGCTGGGGTCGCCCGGCAGCGGCTGCCATGTTCTCCGCTTCGCGCTGCCAATC
406119_ENSRNOG00000000861_RAT_9138_9344/1-209       CCCAATCAGCTGTGGTCGCC-GGCAGCGGCTGCCATGTTCTCCGCTTCGCGCTGCCAATC
406119_ENSDARG00000009849_ZEBRAFISH_9146_9352/1-209 ACCAATCAAATCTACTCACT-GAAACGAACTGCCATTTTCAATACTAAACCTTGCCAATC
406119_SINFRUG00000136278_FUGU_6731_6937/1-209      -CCAATCACACGAACCCAATTGAGACGAGCTGCCATCTCCAATACCAAACGGTGCCAATC
                                                     *******        *    *       ******* * *    *    *  ********


406119_ENSG00000156925_HUMAN_9249_9455/1-209        AGCCTCGCGGCGGCCAATGGGCAGTCCGGCCGGAGGTCAGGTGACCGCGGGCCAGCTGGC
406119_ENSMUSG00000005314_MOUSE_9261_9468/1-209     ATTGTGTCGGTGGCCAATGGGCGACAGGGCCGGGGGTCAGGTGATCTCAGGCCAGCTGGC
406119_ENSRNOG00000000861_RAT_9138_9344/1-209       AGTGTGGCGGCGGCCAATGGGCGGCAGGGCCGGGGGTCAGGTGATCTCAGGCCAGCTGGC
406119_ENSDARG00000009849_ZEBRAFISH_9146_9352/1-209 AACGAACGTGCAGCCAATTAACGCCCTTCCTATCCATCACGTGACTAAGAGGGAGCTGTG
406119_SINFRUG00000136278_FUGU_6731_6937/1-209      ACCGCGGAGCCGACCAACCAGAGGCTGCCTGCGCGGTCACGTGATCGCCGGGTAGCTGGG
                                                    *            ****                   *** ****      *  *****  


406119_ENSG00000156925_HUMAN_9249_9455/1-209        TCCCCATTGGCGCGCGCCTCGCGGCCTCCCGCTCGG-TTTATGTGCGAGGAGTGAGTGAT
406119_ENSMUSG00000005314_MOUSE_9261_9468/1-209     TCCCCATTGGTGCGCGCTGCCCAGCCTCCCGCTCGG-TTTATGTGCGAGGAGTGAGTGAT
406119_ENSRNOG00000000861_RAT_9138_9344/1-209       TCCCCATTGGTGCGCGCTGCCCAGCCTCCCGCTCGG-TTTATGTGCGAGGAGTGAGTGAT
406119_ENSDARG00000009849_ZEBRAFISH_9146_9352/1-209 CTTTCATTGGACAGCGTAGAGCTGCCTCCCGAGCTCATTTATGTGCAAGGAGTGAGTGAT
406119_SINFRUG00000136278_FUGU_6731_6937/1-209      CGCTGATTGGCTGTCGTAACACTGCCTCCCGAGTTCATTTATGTTCTGGGAGTGAGTGAT
                                                         *****    **     * ********      ******* *  ************


406119_ENSG00000156925_HUMAN_9249_9455/1-209        TGACTTTATCAGTCCAAGGACATTACTC-
406119_ENSMUSG00000005314_MOUSE_9261_9468/1-209     TGACTTTATCAGTCCAAGGACATTACTCT
406119_ENSRNOG00000000861_RAT_9138_9344/1-209       TGACTTTATCAGTCCAAGGACATTACTCT
406119_ENSDARG00000009849_ZEBRAFISH_9146_9352/1-209 TGACTTTATCAGTCCAAGGACATCATTC-
406119_SINFRUG00000136278_FUGU_6731_6937/1-209      TGACTTTATCAGTCCAAGGACATCATTC-
                                                    *********************** * ** 


//

406119.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 209
 Mean pairwise identity:  71.92
 Mean single sequence MFE: -83.78
 Consensus MFE: -52.44
 Energy contribution: -53.44
 Covariance contribution:   1.00
 Mean z-score:  -1.69
 Structure conservation index:   0.63
 SVM decision value:   1.02
 SVM RNA-class probability: 0.902041
 Prediction: RNA

######################################################################

>406119_ENSG00000156925_HUMAN_9249_9455/1-209
CCCAAUCAGCGGGGGUCGCUCGGCCGCGGCUGCCAUGUUCUCCGCUCCGCGCUGCCAAUCAGCCUCGCGGCGGCCAAUGGGCAGUCCGGCCGGAGGUCAGGUGACCGCGGGCCAGCUGGCUCCCCAUUGGCGCGCGCCUCGCGGCCUCCCGCUCGGUUUAUGUGCGAGGAGUGAGUGAUUGACUUUAUCAGUCCAAGGACAUUACUC
...((((((((((((((((.((((((.(((((((.((((..(((((.((.((((.....))))..)).)))))..)))))))))))))))))(((((..(....).(((.(((((.(((....)))))))).)))))))))))))).)))))).)))).((((.(..(((.(((.(((......)))))).)))..).))))..... ( -104.70)
>406119_ENSMUSG00000005314_MOUSE_9261_9468/1-209
CCCAAUCAGCUGGGGUCGCCCGGCAGCGGCUGCCAUGUUCUCCGCUUCGCGCUGCCAAUCAUUGUGUCGGUGGCCAAUGGGCGACAGGGCCGGGGGUCAGGUGAUCUCAGGCCAGCUGGCUCCCCAUUGGUGCGCGCUGCCCAGCCUCCCGCUCGGUUUAUGUGCGAGGAGUGAGUGAUUGACUUUAUCAGUCCAAGGACAUUACUCU
........(((((((((((((((((((((..((..........))..).)))))))....((((.((.....))))))))))))).(.((((((((((((.((..(...)..)).)))))))))....))).)......))))))(((((((.((.....)).))).)))).((((((((((.....)))(((....)))))))))). ( -89.70)
>406119_ENSRNOG00000000861_RAT_9138_9344/1-209
CCCAAUCAGCUGUGGUCGCCGGCAGCGGCUGCCAUGUUCUCCGCUUCGCGCUGCCAAUCAGUGUGGCGGCGGCCAAUGGGCGGCAGGGCCGGGGGUCAGGUGAUCUCAGGCCAGCUGGCUCCCCAUUGGUGCGCGCUGCCCAGCCUCCCGCUCGGUUUAUGUGCGAGGAGUGAGUGAUUGACUUUAUCAGUCCAAGGACAUUACUCU
..((((((.(((((((.((((....)))).)))))......((((((.((((((((.......))))))))(((((((((.(((..((((.((((((....)))))).)))).....))).))))))))).(((((.(((.(((.....))).)))....))))).)))))))))))))).........(((....)))........ ( -95.60)
>406119_ENSDARG00000009849_ZEBRAFISH_9146_9352/1-209
ACCAAUCAAAUCUACUCACUGAAACGAACUGCCAUUUUCAAUACUAAACCUUGCCAAUCAACGAACGUGCAGCCAAUUAACGCCCUUCCUAUCCAUCACGUGACUAAGAGGGAGCUGUGCUUUCAUUGGACAGCGUAGAGCUGCCUCCCGAGCUCAUUUAUGUGCAAGGAGUGAGUGAUUGACUUUAUCAGUCCAAGGACAUCAUUC
.....((((.((.(((((((.....(((........))).........((((((...((((.(((.(..((((.........(((((....(((.....).))....))))).))))..).))).))))...((((((((((........)))))...))))))))))))))))))))))))........(((....)))....... ( -53.00)
>406119_SINFRUG00000136278_FUGU_6731_6937/1-209
CCAAUCACACGAACCCAAUUGAGACGAGCUGCCAUCUCCAAUACCAAACGGUGCCAAUCACCGCGGAGCCGACCAACCAGAGGCUGCCUGCGCGGUCACGUGAUCGCCGGGUAGCUGGGCGCUGAUUGGCUGUCGUAACACUGCCUCCCGAGUUCAUUUAUGUUCUGGGAGUGAGUGAUUGACUUUAUCAGUCCAAGGACAUCAUUC
.(((((((((((........((((.(......).))))....(((....)))((((((((.(((((......))..(((...((((((((.((((((....)))))))))))))))))))).))))))))..))))........(((((.((..((....))..)))))))...))))))).........(((....)))....... ( -75.90)
>consensus
CCCAAUCAGCUGGGGUCGCU_GGCAGCGGCUGCCAUGUUCUCCGCUACGCGCUGCCAAUCAGCGUGGCGGCGGCCAAUGGGCGGCAGGGCCGGCGGUCAGGUGAUCGCAGGCCAGCUGGCUCCCCAUUGGCGCGCGCAGCCCAGCCUCCCGCUCGG_UUUAUGUGCGAGGAGUGAGUGAUUGACUUUAUCAGUCCAAGGACAUUACUC_
......((((((..(((....)))..)))))).................((((((((.......))))))))(((((((((.((((.((((.((((((....)))))).))))....)))).)))))))))....(((....)))(((((((.(........).))).)))).((((((((((.....)))(((....)))))))))). (-52.44 = -53.44 +   1.00) 

406119.rnaz

RNAalifold consensus structure

PS | PDF	PS | PDF