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Results for CNB 406997_2

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


406997_ENSDARG00000010275_ZEBRAFISH_7208_7547/1-353      GGCAGCGGCTCCCGGAGCTC--A-GAAATAGATTTCACTGTATTT-GAGAGCGCGCTGGC
406997_ENSRNOG00000006908_RAT_1091_1431/1-353            GGCAGGGGCCTCTGATCCAG--G-GCAATGGCTTTTACTGGATGT-GAGAGCACTCTTGG
406997_ENSG00000184486_HUMAN_1476_1817/1-353             GGCATGGGCCCCTGATCCAT--G-GCAATGGATTTTACTGGATGT-GAGAGCGCTCTTGG
406997_ENSMUSG00000052621_MOUSE_1401_1741/1-353          GGCAGGGGCCTCTGATCCAG--G-GCAATGGATTTTACTGGATGT-GAGAGCACTCTTGG
406997_SINFRUG00000138620_FUGU_8265_8616/1-353           GGCACAGAAACGTAGACAGTACGAGCGTCGGAGCACAACATGTGTTGACAGCACATCCGT


406997_ENSDARG00000010275_ZEBRAFISH_7208_7547/1-353      CCTTCCAAATGAATTACCGTAGACCCCACAGTCCA--AATAACAAGACTCGCATCATTTA
406997_ENSRNOG00000006908_RAT_1091_1431/1-353            TATTAGGAGTGACTCACTGAAAACCTTCCTAACCC--AATAACAAGA-TCACATCATGTA
406997_ENSG00000184486_HUMAN_1476_1817/1-353             TCTTAGGAGTGACTCACCACAAACCCACCCTTCCC--AATAACAAGA-TCACATCATGTA
406997_ENSMUSG00000052621_MOUSE_1401_1741/1-353          TATTAGGAGCGACTCACTGCAAACCTTCCTATCCC--AATAACAAGA-TCACATCATGTA
406997_SINFRUG00000138620_FUGU_8265_8616/1-353           CCCTTTTACTGAATTAACAGCGACCTCTTCATCTTGTAAGAACAGGACTCGCATCGTTTA


406997_ENSDARG00000010275_ZEBRAFISH_7208_7547/1-353      TGCGTTGTTAAGCCATGTAATTGAACGATCCATAGTTTGCATATTATACCATTAAAGTAA
406997_ENSRNOG00000006908_RAT_1091_1431/1-353            TGCATTATTAAGCTACATAATTGAACAGTCTATAGTTTGCATATCAGACTATTAAAATAA
406997_ENSG00000184486_HUMAN_1476_1817/1-353             TGCATTATTAAGCCACATAATTGAACGGTCCATAGTTTGCATATCAGACTATTAAAATAA
406997_ENSMUSG00000052621_MOUSE_1401_1741/1-353          TGCATTATTAAGCTACATAATTGAACAGTCTATAGTTTGCATATCAGACTATTAAAATAA
406997_SINFRUG00000138620_FUGU_8265_8616/1-353           TGCGTTATTAAGTCCCGCAATTGGGCAGCCAGTAGTTTGCATATTAGTCTATTAAGGTAA


406997_ENSDARG00000010275_ZEBRAFISH_7208_7547/1-353      TGTGCTTTGGTTTTCTCCCAACACGACTATTT-AAGCTTCTGTGGCGT--TGTGGTAATT
406997_ENSRNOG00000006908_RAT_1091_1431/1-353            TGTGTTTTGCTTTTCTCTGAACACGTATTGTTCAAGCCTCTG-CGAAT-ATGTGGTGATT
406997_ENSG00000184486_HUMAN_1476_1817/1-353             TGTGTTTTGCTTTTCTCTGAACACGTATTGTTCAAGCCTCTG-CGAGT-ATGTAGTGATT
406997_ENSMUSG00000052621_MOUSE_1401_1741/1-353          TGTGTTTTGCTTTTCTCTGAACACGTATTGTTCAAGCCTCTG-CGAAT-ATGTGGTGATT
406997_SINFRUG00000138620_FUGU_8265_8616/1-353           TATGTTTTGCCTGTCTCAACACACGGCTAGCCAGAGCCCCTGGCGACACATTTGGCAATT


406997_ENSDARG00000010275_ZEBRAFISH_7208_7547/1-353      CTCTGAATTACA-
406997_ENSRNOG00000006908_RAT_1091_1431/1-353            CTGATAATTATCA
406997_ENSG00000184486_HUMAN_1476_1817/1-353             CTGATAATTACCT
406997_ENSMUSG00000052621_MOUSE_1401_1741/1-353          CTGATAATTATCA
406997_SINFRUG00000138620_FUGU_8265_8616/1-353           CTCAGAATTACAC

406997_2.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 253
 Mean pairwise identity:  72.80
 Mean single sequence MFE: -67.08
 Consensus MFE: -21.75
 Energy contribution: -22.03
 Covariance contribution:   0.28
 Mean z-score:  -1.75
 Structure conservation index:   0.32
 SVM decision value:   0.24
 SVM RNA-class probability: 0.652482
 Prediction: RNA

######################################################################

>406997_ENSDARG00000010275_ZEBRAFISH_7208_7547/1-353
GGCAGCGGCUCCCGGAGCUCAGAAAUAGAUUUCACUGUAUUUGAGAGCGCGCUGGCCCUUCCAAAUGAAUUACCGUAGACCCCACAGUCCAAAUAACAAGACUCGCAUCAUUUAUGCGUUGUUAAGCCAUGUAAUUGAACGAUCCAUAGUUUGCAUAUUAUACCAUUAAAGUAAUGUGCUUUGGUUUUCUCCCAACACGACUAUUUAAGCUUCUGUGGCGUUGUGGUAAUUCUCUGAAUUACA
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>406997_ENSRNOG00000006908_RAT_1091_1431/1-353
GGCAGGGGCCUCUGAUCCAGGGCAAUGGCUUUUACUGGAUGUGAGAGCACUCUUGGUAUUAGGAGUGACUCACUGAAAACCUUCCUAACCCAAUAACAAGAUCACAUCAUGUAUGCAUUAUUAAGCUACAUAAUUGAACAGUCUAUAGUUUGCAUAUCAGACUAUUAAAAUAAUGUGUUUUGCUUUUCUCUGAACACGUAUUGUUCAAGCCUCUGCGAAUAUGUGGUGAUUCUGAUAAUUAUCA
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>406997_ENSG00000184486_HUMAN_1476_1817/1-353
GGCAUGGGCCCCUGAUCCAUGGCAAUGGAUUUUACUGGAUGUGAGAGCGCUCUUGGUCUUAGGAGUGACUCACCACAAACCCACCCUUCCCAAUAACAAGAUCACAUCAUGUAUGCAUUAUUAAGCCACAUAAUUGAACGGUCCAUAGUUUGCAUAUCAGACUAUUAAAAUAAUGUGUUUUGCUUUUCUCUGAACACGUAUUGUUCAAGCCUCUGCGAGUAUGUAGUGAUUCUGAUAAUUACCU
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>406997_ENSMUSG00000052621_MOUSE_1401_1741/1-353
GGCAGGGGCCUCUGAUCCAGGGCAAUGGAUUUUACUGGAUGUGAGAGCACUCUUGGUAUUAGGAGCGACUCACUGCAAACCUUCCUAUCCCAAUAACAAGAUCACAUCAUGUAUGCAUUAUUAAGCUACAUAAUUGAACAGUCUAUAGUUUGCAUAUCAGACUAUUAAAAUAAUGUGUUUUGCUUUUCUCUGAACACGUAUUGUUCAAGCCUCUGCGAAUAUGUGGUGAUUCUGAUAAUUAUCA
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>406997_SINFRUG00000138620_FUGU_8265_8616/1-353
GGCACAGAAACGUAGACAGUACGAGCGUCGGAGCACAACAUGUGUUGACAGCACAUCCGUCCCUUUUACUGAAUUAACAGCGACCUCUUCAUCUUGUAAGAACAGGACUCGCAUCGUUUAUGCGUUAUUAAGUCCCGCAAUUGGGCAGCCAGUAGUUUGCAUAUUAGUCUAUUAAGGUAAUAUGUUUUGCCUGUCUCAACACACGGCUAGCCAGAGCCCCUGGCGACACAUUUGGCAAUUCUCAGAAUUACAC
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>consensus
GGCAGGGGCCCCUGAUCCAG__G_GCAAUGGAUUUUACUGGAUGU_GAGAGCACUCUUGGUCUUAGGAGUGACUCACCGCAAACCUCCCCAUCCC__AAUAACAAGA_UCACAUCAUGUAUGCAUUAUUAAGCCACAUAAUUGAACAGUCCAUAGUUUGCAUAUCAGACUAUUAAAAUAAUGUGUUUUGCUUUUCUCUGAACACGUAUUGUUCAAGCCUCUG_CGAAU_AUGUGGUGAUUCUGAUAAUUACCA
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406997_2.rnaz

RNAalifold consensus structure

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