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Results for CNB 489516

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment

489516_ENSG00000089213_HUMAN_5694_5848/1-156        -AGAATTGAAGAACTCACATGTGGTGGGATGGTCGAGCAGGTCCAGGAAGCCTTTGGCGA
489516_ENSRNOG00000001354_RAT_4711_4865/1-156       -AGAATTGAAGAGCTCACCTGTGGTGGGATGGTGGAGCAGGTCCAGGAAGCCTTTGGGGA
489516_ENSMUSG00000043679_MOUSE_5538_5692/1-156     -AGAATTGAAGAGCTCACCTGTGGTGGGATGGTGGAGCAGGTCCAGGAAGCCTTTGGTGA
489516_ENSDARG00000003846_ZEBRAFISH_6740_6894/1-156 AAGGGTGGAGGAGCTCACCTGTGGTGGGATGATGGAGCAGGTGCAGGAGGCGTTTGGAGA
                                                     **  * ** ** ***** ************ * ******** ***** ** ***** **


489516_ENSG00000089213_HUMAN_5694_5848/1-156        GACCATGACCTCTGTTGTGTCTCTGTGTGCTCGTTACCCTATCGCTTGCGCAAATAGCAT
489516_ENSRNOG00000001354_RAT_4711_4865/1-156       GACCATGACGTCTGTTGTGTCTCTGTGTGCTCGGTACCCTATTGCTTGTGCGAACAGCAT
489516_ENSMUSG00000043679_MOUSE_5538_5692/1-156     GACCATGACCTCTGTCGTGTCTTTGTGTGCTCGGTACCCCATTGCTTGTGCGAACAGCAT
489516_ENSDARG00000003846_ZEBRAFISH_6740_6894/1-156 GACCATGACGTCAGTGGTGTCTCTGTGTGCCCGATACCCCATCGCCTGTGCCAACAGCAT
                                                    ********* ** ** ****** ******* ** ***** ** ** ** ** ** *****


489516_ENSG00000089213_HUMAN_5694_5848/1-156        TGGACTCTTATGTACCATACCTTACACCAGGTAAGT
489516_ENSRNOG00000001354_RAT_4711_4865/1-156       TGGACTCCTGTGTACCATACCTTACACCAGGTGAGT
489516_ENSMUSG00000043679_MOUSE_5538_5692/1-156     TGGACTCCTGTGTACCATACCTTATACCAGGTGAGT
489516_ENSDARG00000003846_ZEBRAFISH_6740_6894/1-156 CGGCCTGCTCTGCACCATCCCCTACACCAGGCAAG-
                                                     ** **  * ** ***** ** ** ******  ** 


//

489516.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 156
 Mean pairwise identity:  86.50
 Mean single sequence MFE: -57.50
 Consensus MFE: -43.25
 Energy contribution: -43.50
 Covariance contribution:   0.25
 Mean z-score:  -1.41
 Structure conservation index:   0.75
 SVM decision value:  -0.01
 SVM RNA-class probability: 0.527445
 Prediction: RNA

######################################################################

>489516_ENSG00000089213_HUMAN_5694_5848/1-156
AGAAUUGAAGAACUCACAUGUGGUGGGAUGGUCGAGCAGGUCCAGGAAGCCUUUGGCGAGACCAUGACCUCUGUUGUGUCUCUGUGUGCUCGUUACCCUAUCGCUUGCGCAAAUAGCAUUGGACUCUUAUGUACCAUACCUUACACCAGGUAAGU
...................((((((((.(((.((((((.(((.(((....))).)))(((((.(..((....))..))))))....))))))))).)))))))).(((.......))).(((((......)).)))(((((......)))))... ( -43.20)
>489516_ENSRNOG00000001354_RAT_4711_4865/1-156
AGAAUUGAAGAGCUCACCUGUGGUGGGAUGGUGGAGCAGGUCCAGGAAGCCUUUGGGGAGACCAUGACGUCUGUUGUGUCUCUGUGUGCUCGGUACCCUAUUGCUUGUGCGAACAGCAUUGGACUCCUGUGUACCAUACCUUACACCAGGUGAGU
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>489516_ENSMUSG00000043679_MOUSE_5538_5692/1-156
AGAAUUGAAGAGCUCACCUGUGGUGGGAUGGUGGAGCAGGUCCAGGAAGCCUUUGGUGAGACCAUGACCUCUGUCGUGUCUUUGUGUGCUCGGUACCCCAUUGCUUGUGCGAACAGCAUUGGACUCCUGUGUACCAUACCUUAUACCAGGUGAGU
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>489516_ENSDARG00000003846_ZEBRAFISH_6740_6894/1-156
AAGGGUGGAGGAGCUCACCUGUGGUGGGAUGAUGGAGCAGGUGCAGGAGGCGUUUGGAGAGACCAUGACGUCAGUGGUGUCUCUGUGUGCCCGAUACCCCAUCGCCUGUGCCAACAGCAUCGGCCUGCUCUGCACCAUCCCCUACACCAGGCAAG
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>consensus
_AGAAUUGAAGAGCUCACCUGUGGUGGGAUGGUGGAGCAGGUCCAGGAAGCCUUUGGAGAGACCAUGACCUCUGUUGUGUCUCUGUGUGCUCGGUACCCCAUCGCUUGUGCGAACAGCAUUGGACUCCUGUGUACCAUACCUUACACCAGGUAAGU
............(((((((((..(((((...((((.((((((((.(.((((...(((.(((((.(((((....))))))))))...(((.....))).)))..)))).)((.....))...)))))....))).))))..)))))..))))))))) (-43.25 = -43.50 +   0.25) 

489516.rnaz

RNAalifold consensus structure

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