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Results for CNB 489523-rev

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


489523_ENSG00000089213_HUMAN_5694_5848/1-156        ACTTACCTGGTGTAAGGTATGGTACATAAGAGTCCAATGCTATTTGCGCAAGCGATAGGG
489523_ENSRNOG00000001354_RAT_4711_4865/1-156       ACTCACCTGGTGTAAGGTATGGTACACAGGAGTCCAATGCTGTTCGCACAAGCAATAGGG
489523_ENSDARG00000003846_ZEBRAFISH_6740_6894/1-156 -CTTGCCTGGTGTAGGGGATGGTGCAGAGCAGGCCGATGCTGTTGGCACAGGCGATGGGG
489523_ENSMUSG00000043679_MOUSE_5538_5692/1-156     ACTCACCTGGTATAAGGTATGGTACACAGGAGTCCAATGCTGTTCGCACAAGCAATGGGG
                                                     **  ****** ** ** ***** ** *  ** ** ***** ** ** ** ** ** ***


489523_ENSG00000089213_HUMAN_5694_5848/1-156        TAACGAGCACACAGAGACACAACAGAGGTCATGGTCTCGCCAAAGGCTTCCTGGACCTGC
489523_ENSRNOG00000001354_RAT_4711_4865/1-156       TACCGAGCACACAGAGACACAACAGACGTCATGGTCTCCCCAAAGGCTTCCTGGACCTGC
489523_ENSDARG00000003846_ZEBRAFISH_6740_6894/1-156 TATCGGGCACACAGAGACACCACTGACGTCATGGTCTCTCCAAACGCCTCCTGCACCTGC
489523_ENSMUSG00000043679_MOUSE_5538_5692/1-156     TACCGAGCACACAAAGACACGACAGAGGTCATGGTCTCACCAAAGGCTTCCTGGACCTGC
                                                    ** ** ******* ****** ** ** *********** ***** ** ***** ******


489523_ENSG00000089213_HUMAN_5694_5848/1-156        TCGACCATCCCACCACATGTGAGTTCTTCAATTCT-
489523_ENSRNOG00000001354_RAT_4711_4865/1-156       TCCACCATCCCACCACAGGTGAGCTCTTCAATTCT-
489523_ENSDARG00000003846_ZEBRAFISH_6740_6894/1-156 TCCATCATCCCACCACAGGTGAGCTCCTCCACCCTT
489523_ENSMUSG00000043679_MOUSE_5538_5692/1-156     TCCACCATCCCACCACAGGTGAGCTCTTCAATTCT-
                                                    ** * ************ ***** ** ** *  ** 

489523-rev.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 156
 Mean pairwise identity:  86.50
 Mean single sequence MFE: -51.83
 Consensus MFE: -39.69
 Energy contribution: -39.12
 Covariance contribution:  -0.56
 Mean z-score:  -1.94
 Structure conservation index:   0.77
 SVM decision value:   0.74
 SVM RNA-class probability: 0.838764
 Prediction: RNA

######################################################################

>489523_ENSG00000089213_HUMAN_5694_5848/1-156
ACUUACCUGGUGUAAGGUAUGGUACAUAAGAGUCCAAUGCUAUUUGCGCAAGCGAUAGGGUAACGAGCACACAGAGACACAACAGAGGUCAUGGUCUCGCCAAAGGCUUCCUGGACCUGCUCGACCAUCCCACCACAUGUGAGUUCUUCAAUUCU
((((((.(((((...((.(((((.....((.(((((.((((..((((....))))...))))..((((.....(((((.((((....))..))))))).......))))..))))))).....))))))))))))...))))))........... ( -47.90)
>489523_ENSRNOG00000001354_RAT_4711_4865/1-156
ACUCACCUGGUGUAAGGUAUGGUACACAGGAGUCCAAUGCUGUUCGCACAAGCAAUAGGGUACCGAGCACACAGAGACACAACAGACGUCAUGGUCUCCCCAAAGGCUUCCUGGACCUGCUCCACCAUCCCACCACAGGUGAGCUCUUCAAUUCU
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>489523_ENSDARG00000003846_ZEBRAFISH_6740_6894/1-156
CUUGCCUGGUGUAGGGGAUGGUGCAGAGCAGGCCGAUGCUGUUGGCACAGGCGAUGGGGUAUCGGGCACACAGAGACACCACUGACGUCAUGGUCUCUCCAAACGCCUCCUGCACCUGCUCCAUCAUCCCACCACAGGUGAGCUCCUCCACCCUU
((..((((.((...(((((((((..(((((((.(((((((.((.((....)).).).)))))))(((.....((((.((((.((....)))))).)))).....))).......))))))))))))))))..))))))..))............. ( -63.90)
>489523_ENSMUSG00000043679_MOUSE_5538_5692/1-156
ACUCACCUGGUAUAAGGUAUGGUACACAGGAGUCCAAUGCUGUUCGCACAAGCAAUGGGGUACCGAGCACACAAAGACACGACAGAGGUCAUGGUCUCACCAAAGGCUUCCUGGACCUGCUCCACCAUCCCACCACAGGUGAGCUCUUCAAUUCU
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>consensus
ACUCACCUGGUGUAAGGUAUGGUACACAGGAGUCCAAUGCUGUUCGCACAAGCAAUAGGGUACCGAGCACACAGAGACACAACAGACGUCAUGGUCUCACCAAAGGCUUCCUGGACCUGCUCCACCAUCCCACCACAGGUGAGCUCUUCAAUUCU_
.(((((((((((...((.(((((.....((.(((((((.(((((.((....))))))).))...((((.....(((((...((....))....))))).......))))..))))))).....))))))))))))..))))))............. (-39.69 = -39.12 +  -0.56) 

489523-rev.rnaz

RNAalifold consensus structure

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