Results for CNB 489523

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment

489523_ENSG00000089213_HUMAN_5694_5848/1-156        -AGAATTGAAGAACTCACATGTGGTGGGATGGTCGAGCAGGTCCAGGAAGCCTTTGGCGA
489523_ENSRNOG00000001354_RAT_4711_4865/1-156       -AGAATTGAAGAGCTCACCTGTGGTGGGATGGTGGAGCAGGTCCAGGAAGCCTTTGGGGA
489523_ENSDARG00000003846_ZEBRAFISH_6740_6894/1-156 AAGGGTGGAGGAGCTCACCTGTGGTGGGATGATGGAGCAGGTGCAGGAGGCGTTTGGAGA
489523_ENSMUSG00000043679_MOUSE_5538_5692/1-156     -AGAATTGAAGAGCTCACCTGTGGTGGGATGGTGGAGCAGGTCCAGGAAGCCTTTGGTGA
                                                     **  * ** ** ***** ************ * ******** ***** ** ***** **


489523_ENSG00000089213_HUMAN_5694_5848/1-156        GACCATGACCTCTGTTGTGTCTCTGTGTGCTCGTTACCCTATCGCTTGCGCAAATAGCAT
489523_ENSRNOG00000001354_RAT_4711_4865/1-156       GACCATGACGTCTGTTGTGTCTCTGTGTGCTCGGTACCCTATTGCTTGTGCGAACAGCAT
489523_ENSDARG00000003846_ZEBRAFISH_6740_6894/1-156 GACCATGACGTCAGTGGTGTCTCTGTGTGCCCGATACCCCATCGCCTGTGCCAACAGCAT
489523_ENSMUSG00000043679_MOUSE_5538_5692/1-156     GACCATGACCTCTGTCGTGTCTTTGTGTGCTCGGTACCCCATTGCTTGTGCGAACAGCAT
                                                    ********* ** ** ****** ******* ** ***** ** ** ** ** ** *****


489523_ENSG00000089213_HUMAN_5694_5848/1-156        TGGACTCTTATGTACCATACCTTACACCAGGTAAGT
489523_ENSRNOG00000001354_RAT_4711_4865/1-156       TGGACTCCTGTGTACCATACCTTACACCAGGTGAGT
489523_ENSDARG00000003846_ZEBRAFISH_6740_6894/1-156 CGGCCTGCTCTGCACCATCCCCTACACCAGGCAAG-
489523_ENSMUSG00000043679_MOUSE_5538_5692/1-156     TGGACTCCTGTGTACCATACCTTATACCAGGTGAGT
                                                     ** **  * ** ***** ** ** ******  ** 


//

489523.aln

RNAz output


############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 156
 Mean pairwise identity:  86.50
 Mean single sequence MFE: -57.50
 Consensus MFE: -43.25
 Energy contribution: -43.50
 Covariance contribution:   0.25
 Mean z-score:  -1.41
 Structure conservation index:   0.75
 SVM decision value:  -0.01
 SVM RNA-class probability: 0.527445
 Prediction: RNA

######################################################################

>489523_ENSG00000089213_HUMAN_5694_5848/1-156
AGAAUUGAAGAACUCACAUGUGGUGGGAUGGUCGAGCAGGUCCAGGAAGCCUUUGGCGAGACCAUGACCUCUGUUGUGUCUCUGUGUGCUCGUUACCCUAUCGCUUGCGCAAAUAGCAUUGGACUCUUAUGUACCAUACCUUACACCAGGUAAGU
...................((((((((.(((.((((((.(((.(((....))).)))(((((.(..((....))..))))))....))))))))).)))))))).(((.......))).(((((......)).)))(((((......)))))... ( -43.20)
>489523_ENSRNOG00000001354_RAT_4711_4865/1-156
AGAAUUGAAGAGCUCACCUGUGGUGGGAUGGUGGAGCAGGUCCAGGAAGCCUUUGGGGAGACCAUGACGUCUGUUGUGUCUCUGUGUGCUCGGUACCCUAUUGCUUGUGCGAACAGCAUUGGACUCCUGUGUACCAUACCUUACACCAGGUGAGU
...........(((((((((((..(((((((((..(((((((((..((((...(((((((((.(..((....))..))))))...((((...))))))))..))))((((.....))))))))..))))).)))))).)))..)).))))))))) ( -60.80)
>489523_ENSDARG00000003846_ZEBRAFISH_6740_6894/1-156
AAGGGUGGAGGAGCUCACCUGUGGUGGGAUGAUGGAGCAGGUGCAGGAGGCGUUUGGAGAGACCAUGACGUCAGUGGUGUCUCUGUGUGCCCGAUACCCCAUCGCCUGUGCCAACAGCAUCGGCCUGCUCUGCACCAUCCCCUACACCAGGCAAG
...((((.(((..((((((...))))))..(((((.(((((.(((((.((((..((((((.(((((.......))))).))))))..)))))...........(((.((((.....)))).)))))))))))).))))).))).))))....... ( -68.70)
>489523_ENSMUSG00000043679_MOUSE_5538_5692/1-156
AGAAUUGAAGAGCUCACCUGUGGUGGGAUGGUGGAGCAGGUCCAGGAAGCCUUUGGUGAGACCAUGACCUCUGUCGUGUCUUUGUGUGCUCGGUACCCCAUUGCUUGUGCGAACAGCAUUGGACUCCUGUGUACCAUACCUUAUACCAGGUGAGU
...........(((((((((..(((((((((((..(((((((((..((((...(((.(((((.(((((....))))))))))...((((...)))).)))..))))((((.....))))))))..))))).)))))).)).)))..))))))))) ( -57.30)
>consensus
_AGAAUUGAAGAGCUCACCUGUGGUGGGAUGGUGGAGCAGGUCCAGGAAGCCUUUGGAGAGACCAUGACCUCUGUUGUGUCUCUGUGUGCUCGGUACCCCAUCGCUUGUGCGAACAGCAUUGGACUCCUGUGUACCAUACCUUACACCAGGUAAGU
............(((((((((..(((((...((((.((((((((.(.((((...(((.(((((.(((((....))))))))))...(((.....))).)))..)))).)((.....))...)))))....))).))))..)))))..))))))))) (-43.25 = -43.50 +   0.25) 

489523.rnaz

RNAalifold consensus structure

Secondary Structure Dot Plot
PS | PDF PS | PDF
Stefan Washietl
Last modified: Thu Aug 12 14:35:44 CEST 2004