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Results for CNB 72395_0

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


72395_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-381       TATTTGGAGCTGGTGTACTTGGTCACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCC
72395_ENSRNOG00000018055_RAT_337_715/1-381        -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACCGCCTTGGTGCCCTCGGACACAGCGTGCTTGGCC
72395_ENSMUSG00000049211_MOUSE_308_688/1-381      CACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTGGTGCCCTCCGACACCGCGTGCTTGGCC
72395_ENSG00000183868_HUMAN_301_680/1-381         TACTTAGCGCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTAGTACCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCC


72395_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-381       AGCTCCCCCGGCAGCAGCAGCCTCACAGCGGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTGGCG
72395_ENSRNOG00000018055_RAT_337_715/1-381        AGCTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCGAG
72395_ENSMUSG00000049211_MOUSE_308_688/1-381      AGCTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCGAG
72395_ENSG00000183868_HUMAN_301_680/1-381         AACTCCCCAGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTCGAG


72395_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-381       CGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGCGACCCTTCACTGGCGATGCGCTCGAATATGTCGTTC
72395_ENSRNOG00000018055_RAT_337_715/1-381        CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGCGACGCCTCGCCCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTC
72395_ENSMUSG00000049211_MOUSE_308_688/1-381      CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGACGCCTCGCCCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTC
72395_ENSG00000183868_HUMAN_301_680/1-381         CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGAAGCCTCACCTGCGATGCGCTCGAAAATGTCGTTC


72395_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-381       ACAAACGAGTTCATGATGCTCATGGCCTTGGAGGAGATGCCCGTGTCTGGGTGCACCTGC
72395_ENSRNOG00000018055_RAT_337_715/1-381        ACGAACGAGTTCATTATGCCCATGGCCTTGGAAGAGATGCCGGTGTCCGGGTGCACTTGC
72395_ENSMUSG00000049211_MOUSE_308_688/1-381      ACGAACGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGAGGAGATGCCGGTGTCGGGGTGCACTTGC
72395_ENSG00000183868_HUMAN_301_680/1-381         ACAAACGAATTCATGATGCCCATGGCCTTGGACGAAATGCCGGTGTCAGGGTGGACCTGC


72395_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-381       TTCAGCACCTTGTACACGTAAATGGCGTAGCTCTCCTTCCTGTTTTTACGTCGTTTCTTA
72395_ENSRNOG00000018055_RAT_337_715/1-381        TTCAGTACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCTTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG
72395_ENSMUSG00000049211_MOUSE_308_688/1-381      TTCAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG
72395_ENSG00000183868_HUMAN_301_680/1-381         TTCAGAACCTTGTACACATAGATGGAATAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG

72395_0.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  88.67
 Mean single sequence MFE: -131.23
 Consensus MFE: -108.03
 Energy contribution: -113.03
 Covariance contribution:   5.00
 Mean z-score:  -1.50
 Structure conservation index:   0.82
 SVM decision value:   0.20
 SVM RNA-class probability: 0.631750
 Prediction: RNA

######################################################################

>72395_SINFRUG00000141037_FUGU_315_694/1-381
UAUUUGGAGCUGGUGUACUUGGUCACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCCGGCAGCAGCAGCCUCACAGCGGUCUGGAUCUCCCUGGAGGUGAUGGUGGCGCGCUUGUUGUAGUGCGCCAGGCGCGACCCUUCACUGGCGAUGCGCUCGAAUAUGUCGUUCACAAACGAGUUCAUGAUGCUCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCCGUGUCUGGGUGCACCUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAAAUGGCGUAGCUCUCCUUCCUGUUUUUACGUCGUUUCUUA
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>72395_ENSRNOG00000018055_RAT_337_715/1-381
ACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACCGCCUUGGUGCCCUCGGACACAGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCCUCGCCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUUAUGCCCAUGGCCUUGGAAGAGAUGCCGGUGUCCGGGUGCACUUGCUUCAGUACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCUUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
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>72395_ENSMUSG00000049211_MOUSE_308_688/1-381
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>72395_ENSG00000183868_HUMAN_301_680/1-381
UACUUAGCGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUAGUACCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAACUCCCCAGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCUGGAGGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGGGAAGCCUCACCUGCGAUGCGCUCGAAAAUGUCGUUCACAAACGAAUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGACGAAAUGCCGGUGUCAGGGUGGACCUGCUUCAGAACCUUGUACACAUAGAUGGAAUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
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>consensus
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72395_0.rnaz

RNAalifold consensus structure

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