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Results for CNB 72518_0

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


72518_ENSMUSG00000054925_MOUSE_344_721/1-378      CACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACTGCCTTGGTGCCCTCCGACACCGCGTGCTTGGCC
72518_SINFRUG00000141037_FUGU_315_692/1-378       TATTTGGAGCTGGTGTACTTGGTCACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCC
72518_ENSG00000184825_HUMAN_292_668/1-378         TACTTAGCGCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGGCC
72518_ENSRNOG00000028264_RAT_327_703/1-378        -ACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACCGCGTGCTTGGCC


72518_ENSMUSG00000054925_MOUSE_344_721/1-378      AGCTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCGAG
72518_SINFRUG00000141037_FUGU_315_692/1-378       AGCTCCCCCGGCAGCAGCAGCCTCACAGCGGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTGGCG
72518_ENSG00000184825_HUMAN_292_668/1-378         AACTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTCGAG
72518_ENSRNOG00000028264_RAT_327_703/1-378        AGCTCCCCGGGAAGCAGCAGGCGCACAGCCGTCTGGACCTCCCGGGACGTGATGGTCGAG


72518_ENSMUSG00000054925_MOUSE_344_721/1-378      CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGAAGCCTCGCTCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTC
72518_SINFRUG00000141037_FUGU_315_692/1-378       CGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGCGACCCTTCACTGGCGATGCGCTCGAATATGTCGTTC
72518_ENSG00000184825_HUMAN_292_668/1-378         CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGAAGCCTCACCCGCGATGCGTTCGAAGATGTCGTTG
72518_ENSRNOG00000028264_RAT_327_703/1-378        CGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGCGACGCCTCGCCCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTTC


72518_ENSMUSG00000054925_MOUSE_344_721/1-378      ACGAACGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGAGGAGATGCCGGTGTCGGGGTGCACTTGC
72518_SINFRUG00000141037_FUGU_315_692/1-378       ACAAACGAGTTCATGATGCTCATGGCCTTGGAGGAGATGCCCGTGTCTGGGTGCACCTGC
72518_ENSG00000184825_HUMAN_292_668/1-378         ACGAAGGAGTTCATGATTCCCATGGCCTTAGAGGAGATGCCGGTGTCGGGGTGGACCTGC
72518_ENSRNOG00000028264_RAT_327_703/1-378        ACGAACGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGAAGAGATGCCCGTGTCCGGGTGCACTTGC


72518_ENSMUSG00000054925_MOUSE_344_721/1-378      TTCAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG
72518_SINFRUG00000141037_FUGU_315_692/1-378       TTCAGCACCTTGTACACGTAAATGGCGTAGCTCTCCTTCCTGTTTTTACGTCGTTTCTTA
72518_ENSG00000184825_HUMAN_292_668/1-378         TTCAGCACCTTGTACACGTATACGGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG
72518_ENSRNOG00000028264_RAT_327_703/1-378        TTAAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTG

72518_0.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 4
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  89.39
 Mean single sequence MFE: -134.50
 Consensus MFE: -110.86
 Energy contribution: -115.05
 Covariance contribution:   4.19
 Mean z-score:  -1.64
 Structure conservation index:   0.82
 SVM decision value:   0.43
 SVM RNA-class probability: 0.732327
 Prediction: RNA

######################################################################

>72518_ENSMUSG00000054925_MOUSE_344_721/1-378
CACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACUGCCUUGGUGCCCUCCGACACCGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGGGAAGCCUCGCUCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCGGUGUCGGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
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>72518_SINFRUG00000141037_FUGU_315_692/1-378
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>72518_ENSG00000184825_HUMAN_292_668/1-378
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>72518_ENSRNOG00000028264_RAT_327_703/1-378
ACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACCGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGAAGCAGCAGGCGCACAGCCGUCUGGACCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCCUCGCCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAAGAGAUGCCCGUGUCCGGGUGCACUUGCUUAAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUUG
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>consensus
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72518_0.rnaz

RNAalifold consensus structure

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