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Results for CNB 72700_0

Input Alignment

CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment


72700_ENSRNOG00000027856_RAT_335_700/1-367            -CACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACCGCCTTGGTGCCCTCGGACACAGCGTGCTTGGC
72700_ENSG00000184825_HUMAN_291_657/1-367             TTACTTAGCGCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGGC
72700_ENSMUSG00000054813_MOUSE_326_691/1-367          -CACTTGGAGCTGGTGTACTTGGTGACAGCCTTGGTGCCCTCCGACACCGCGTGCTTGGC
72700_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_290_655/1-367      TCACTTGGAGCTGGTGTATTTGGTCACGGCCTTTGTTCCCTCAGACACTGCGTGTTTGGC
72700_SINFRUG00000141037_FUGU_314_680/1-367           CTATTTGGAGCTGGTGTACTTGGTCACGGCCTTGGTGCCCTCGGACACGGCGTGCTTGGC


72700_ENSRNOG00000027856_RAT_335_700/1-367            CAGCTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCGA
72700_ENSG00000184825_HUMAN_291_657/1-367             CAACTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTCGA
72700_ENSMUSG00000054813_MOUSE_326_691/1-367          CAGCTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCGGGACGTGATGGTCGA
72700_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_290_655/1-367      CAGTTCTCCGGGCAGGAGCAGGCGCACGGCTGTCTGGATCTCCCGGGATGTGATAGTGGA
72700_SINFRUG00000141037_FUGU_314_680/1-367           CAGCTCCCCCGGCAGCAGCAGCCTCACAGCGGTCTGGATCTCCCTGGAGGTGATGGTGGC


72700_ENSRNOG00000027856_RAT_335_700/1-367            GCGCTTGTTGTAATGCGCTAGACGCGACGCCTCGCCCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTT
72700_ENSG00000184825_HUMAN_291_657/1-367             GCGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGAAGCCTCACCCGCGATGCGTTCGAAGATGTCGTT
72700_ENSMUSG00000054813_MOUSE_326_691/1-367          GCGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGACGCCTCGCTCGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTT
72700_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_290_655/1-367      GCGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGCGACGCTTCTCCGGCGATGCGCTCGAAGATGTCGTT
72700_SINFRUG00000141037_FUGU_314_680/1-367           GCGCTTGTTGTAGTGCGCCAGGCGCGACCCTTCACTGGCGATGCGCTCGAATATGTCGTT


72700_ENSRNOG00000027856_RAT_335_700/1-367            CACGAACGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTAGAAGAGATGCCCGTGTCCGGGTGCACTTG
72700_ENSG00000184825_HUMAN_291_657/1-367             GACGAAGGAGTTCATGATTCCCATGGCCTTAGAGGAGATGCCGGTGTCGGGGTGGACCTG
72700_ENSMUSG00000054813_MOUSE_326_691/1-367          CACGAACGAGTTCATGATGCCCATGGCCTTGGAGGAGATGCCGGTGTCGGGGTGCACTTG
72700_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_290_655/1-367      TACAAATGAGTTCATAATGCCCATCGCCTTTGAGGAGATGCCAGTGTCCGGGTGGACTTG
72700_SINFRUG00000141037_FUGU_314_680/1-367           CACAAACGAGTTCATGATGCTCATGGCCTTGGAGGAGATGCCCGTGTCTGGGTGCACCTG


72700_ENSRNOG00000027856_RAT_335_700/1-367            CTTCAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTT
72700_ENSG00000184825_HUMAN_291_657/1-367             CTTCAGCACCTTGTACACGTATACGGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTT
72700_ENSMUSG00000054813_MOUSE_326_691/1-367          CTTCAGCACCTTGTACACGTACACCGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTT
72700_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_290_655/1-367      TTTTAGTACTTTGTACACGTAAATGGCGTAACTCTCTTTCCTGGTCTTACGCCTTTTCTT
72700_SINFRUG00000141037_FUGU_314_680/1-367           CTTCAGCACCTTGTACACGTAAATGGCGTAGCTCTCCTTCCTGTTTTTACGTCGTTTCTT

72700_0.aln

RNAz output

############################  RNAz 0.1  ##############################

 Sequences: 5
 Columns: 300
 Mean pairwise identity:  86.76
 Mean single sequence MFE: -129.07
 Consensus MFE: -102.52
 Energy contribution: -105.32
 Covariance contribution:   2.80
 Mean z-score:  -1.57
 Structure conservation index:   0.79
 SVM decision value:   0.20
 SVM RNA-class probability: 0.630234
 Prediction: RNA

######################################################################

>72700_ENSRNOG00000027856_RAT_335_700/1-367
CACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACCGCCUUGGUGCCCUCGGACACAGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCUAGACGCGACGCCUCGCCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUAGAAGAGAUGCCCGUGUCCGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUU
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>72700_ENSG00000184825_HUMAN_291_657/1-367
UUACUUAGCGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAACUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCUGGAGGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGGGAAGCCUCACCCGCGAUGCGUUCGAAGAUGUCGUUGACGAAGGAGUUCAUGAUUCCCAUGGCCUUAGAGGAGAUGCCGGUGUCGGGGUGGACCUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAUACGGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUU
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>72700_ENSMUSG00000054813_MOUSE_326_691/1-367
CACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACAGCCUUGGUGCCCUCCGACACCGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGGGACGCCUCGCUCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCGGUGUCGGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUACACCGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUU
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>72700_ENSDARG00000022900_ZEBRAFISH_290_655/1-367
UCACUUGGAGCUGGUGUAUUUGGUCACGGCCUUUGUUCCCUCAGACACUGCGUGUUUGGCCAGUUCUCCGGGCAGGAGCAGGCGCACGGCUGUCUGGAUCUCCCGGGAUGUGAUAGUGGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCUUCUCCGGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUUACAAAUGAGUUCAUAAUGCCCAUCGCCUUUGAGGAGAUGCCAGUGUCCGGGUGGACUUGUUUUAGUACUUUGUACACGUAAAUGGCGUAACUCUCUUUCCUGGUCUUACGCCUUUUCUU
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>72700_SINFRUG00000141037_FUGU_314_680/1-367
CUAUUUGGAGCUGGUGUACUUGGUCACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCCGGCAGCAGCAGCCUCACAGCGGUCUGGAUCUCCCUGGAGGUGAUGGUGGCGCGCUUGUUGUAGUGCGCCAGGCGCGACCCUUCACUGGCGAUGCGCUCGAAUAUGUCGUUCACAAACGAGUUCAUGAUGCUCAUGGCCUUGGAGGAGAUGCCCGUGUCUGGGUGCACCUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAAAUGGCGUAGCUCUCCUUCCUGUUUUUACGUCGUUUCUU
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>consensus
_CACUUGGAGCUGGUGUACUUGGUGACGGCCUUGGUGCCCUCGGACACGGCGUGCUUGGCCAGCUCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGUCUGGAUCUCCCGGGACGUGAUGGUCGAGCGCUUGUUGUAAUGCGCCAGGCGCGACGCCUCACCCGCGAUGCGCUCGAAGAUGUCGUUCACGAACGAGUUCAUGAUGCCCAUGGCCUUAGAGGAGAUGCCCGUGUCCGGGUGCACUUGCUUCAGCACCUUGUACACGUAAACGGAGUAGCUCUCCUUGCGGCUGCGCUUGCGCUUCUU
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72700_0.rnaz

RNAalifold consensus structure

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