Structure #15062

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr1
Strand	+
Position	116,082,184 - 116,082,303
Number of sequences	4
Organisms	human, mouse, rat, dog
Mean pairwise identity	83.43
Columns	120
Mean single MFE	-39.75
Consensus MFE	-30.29
Combinations/base pair	47 / 38 = 1.24
SCI	0.76
z-score	-4.18
RNA class probability	0.998564

This structure is part of cluster 6111

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 4
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  83.43
 Mean single sequence MFE: -39.75
 Consensus MFE: -30.29
 Energy contribution: -30.10
 Covariance contribution:  -0.19
 Mean z-score:  -4.18
 Structure conservation index:   0.76
 SVM decision value:   3.14
 SVM RNA-class probability: 0.998564
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr1/116082184-116082303
UUUUCCGUGUUUAGGUUUGGUCUUUGUCUACACAAUACCAAACAUCUGGAUCUAUAGUAAAAACGUGCUGUCAAAUACUCAGAUGUUUGGAAAUAUCUGGGUAUUUUGGCACUUAACAG
...((((.(.....(((((((..((((....)))).)))))))..)))))..............((((((..(((((((((((((((....)))))))))))))))))))))....... ( -35.20)
>mm5.chr3/58620769-58620650
UUUUCUGUGUCCAGGUUGGCUCUUUGUCUGCAAACACCAACCAUCUGGAUGUGUAGUUUGAAACAUGCUGUCAAAUAUCCAGAUGUUUAGAAACAUCUGGAUAUUUGGGCACCUCACAG
....(((((((((((((((...((((....))))..))))))...)))).(((((((.((...)).))).(((((((((((((((((....)))))))))))))))))))))..))))) ( -44.40)
>rn3.chr2/61144784-61144665
UUUUCUAUGUCCAGGUUUGCUCUUUGUCUGCAAACACCAACCAUCUGGAUGUGUAGUUUGAAACAUGCUGUCAAAUAUCCAGAUGUUUAGAAACAUCUGGAUAUUUGGUCACCUCACAG
.......(((..((((..((....(((...(((((((((.((....)).)).)).)))))..))).)).((((((((((((((((((....))))))))))))))))).))))).))). ( -37.40)
>canFam1.chr17/56156166-56156285
UUUUCUGUGUCCAGGAUUGGCCUUUGUCUACACAAUACCAAGCAUCUGGGUAUAUGGUAAAAACAUGCUGUCAAGUACCCAGAUGUUUGGGAACAUCUGGGUAUUUUGGCAACCAGCAG
.....(((..(((((.((((...((((....))))..))))...)))))..)))((((..........(((((((((((((((((((....)))))))))))).))))))))))).... ( -42.00)
>consensus
UUUUCUGUGUCCAGGUUUGCUCUUUGUCUACA_AACACCAACCAUCUGGAUGUAUAG_UAAAAACAUGCUGUCAAAUACCCAGAUGUUUAGAAACAUCUGGAUAUUUGGGCACCUAACAG
......(((((((((((((((.((((....)).)).)))))..))))))))))................(((((((((((((((((((....))))))))))))))).))))........ (-30.29 = -30.10 +  -0.19) 

	

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Consensus structure

Secondary structure graph

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Montain plot

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Dotplot

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