Structure #15064

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr1
Strand	-
Position	116,082,184 - 116,082,303
Number of sequences	4
Organisms	human, mouse, rat, dog
Mean pairwise identity	83.43
Columns	120
Mean single MFE	-38.55
Consensus MFE	-25.79
Combinations/base pair	44 / 39 = 1.13
SCI	0.67
z-score	-4.45
RNA class probability	0.995832

This structure is part of cluster 6111

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 4
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  83.43
 Mean single sequence MFE: -38.55
 Consensus MFE: -25.79
 Energy contribution: -28.60
 Covariance contribution:   2.81
 Mean z-score:  -4.45
 Structure conservation index:   0.67
 SVM decision value:   2.62
 SVM RNA-class probability: 0.995832
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr1/116082303-116082184
CUGUUAAGUGCCAAAAUACCCAGAUAUUUCCAAACAUCUGAGUAUUUGACAGCACGUUUUUACUAUAGAUCCAGAUGUUUGGUAUUGUGUAGACAAAGACCAAACCUAAACACGGAAAA
((((...((((..((((((.(((((.((....)).))))).))))))....)))).....................(((((((.((((....))))..)))))))......)))).... ( -26.40)
>mm5.chr3/58620650-58620769
CUGUGAGGUGCCCAAAUAUCCAGAUGUUUCUAAACAUCUGGAUAUUUGACAGCAUGUUUCAAACUACACAUCCAGAUGGUUGGUGUUUGCAGACAAAGAGCCAACCUGGACACAGAAAA
(((((..((((.((((((((((((((((....))))))))))))))))...))))...............((((...(((((((.((((....))))..)))))))))))))))).... ( -47.90)
>rn3.chr2/61144665-61144784
CUGUGAGGUGACCAAAUAUCCAGAUGUUUCUAAACAUCUGGAUAUUUGACAGCAUGUUUCAAACUACACAUCCAGAUGGUUGGUGUUUGCAGACAAAGAGCAAACCUGGACAUAGAAAA
(((((((((...((((((((((((((((....))))))))))))))))...((.((((((((((.((.((.((....)).))))))))).)))))....))..))))...))))).... ( -42.40)
>canFam1.chr17/56156285-56156166
CUGCUGGUUGCCAAAAUACCCAGAUGUUCCCAAACAUCUGGGUACUUGACAGCAUGUUUUUACCAUAUACCCAGAUGCUUGGUAUUGUGUAGACAAAGGCCAAUCCUGGACACAGAAAA
(((.((((((.(((..((((((((((((....)))))))))))).))).)))).................((((....(((((.((((....))))..)))))..)))).))))).... ( -37.50)
>consensus
CUGUGAGGUGCCAAAAUACCCAGAUGUUUCCAAACAUCUGGAUAUUUGACAGCAUGUUUCAA_CUACACAUCCAGAUGGUUGGUAUU_UGCAGACAAAGACCAAACCUGGACACAGAAAA
(((((..((((.((((((((((((((((....))))))))))))))))...))))...............(((((....(((((.((.((....)))).)))))..)))))))))).... (-25.79 = -28.60 +   2.81)

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

Secondary structure

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