Structure #15067

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr1
Strand	+
Position	116,082,224 - 116,082,343
Number of sequences	4
Organisms	human, mouse, rat, dog
Mean pairwise identity	83.31
Columns	120
Mean single MFE	-37.85
Consensus MFE	-30.85
Combinations/base pair	44 / 34 = 1.29
SCI	0.82
z-score	-4.14
RNA class probability	0.999015

This structure is part of cluster 6111

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 4
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  83.31
 Mean single sequence MFE: -37.85
 Consensus MFE: -30.85
 Energy contribution: -29.97
 Covariance contribution:  -0.88
 Mean z-score:  -4.14
 Structure conservation index:   0.82
 SVM decision value:   3.33
 SVM RNA-class probability: 0.999015
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr1/116082224-116082343
AACAUCUGGAUCUAUAGUAAAAACGUGCUGUCAAAUACUCAGAUGUUUGGAAAUAUCUGGGUAUUUUGGCACUUAACAGCAGCAACAGCUGGAUAAUGGAAUUAAUUUUUCACUUUUCA
.....(((........((....))((((((..(((((((((((((((....)))))))))))))))))))))....)))((((....))))((.(((((((......))))).)).)). ( -31.10)
>mm5.chr3/58620809-58620689
ACCAUCUGGAUGUGUAGUUUGAAACAUGCUGUCAAAUAUCCAGAUGUUUAGAAACAUCUGGAUAUUUGGGCACCUCACAGCAGUAACAGCUGGAUAAUGGAAUUAAUUUUUCACUCUUUA
.(((.(((...((((........))))(((((((((((((((((((((....))))))))))))))))(....)..))))).....))).)))....(((((......)))))....... ( -37.50)
>rn3.chr2/61144824-61144704
ACCAUCUGGAUGUGUAGUUUGAAACAUGCUGUCAAAUAUCCAGAUGUUUAGAAACAUCUGGAUAUUUGGUCACCUCACAGCGGUAACAGCUGGAUAACAGAAUUAAUUUUUCACUCCUUA
....((((..(((.(((((.(..((.((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))........))))))))..)))))).))).))))................... ( -37.80)
>canFam1.chr17/56156206-56156325
AGCAUCUGGGUAUAUGGUAAAAACAUGCUGUCAAGUACCCAGAUGUUUGGGAACAUCUGGGUAUUUUGGCAACCAGCAGCAACAACAGCUGGAUAAUGGAAUUCAUGUUUCCCUUUGUA
.(((...(((.((((((......(((..(((((((((((((((((((....)))))))))))).))))))).(((((..........)))))...)))....))))))..)))..))). ( -45.00)
>consensus
ACCAUCUGGAUGUAUAG_UAAAAACAUGCUGUCAAAUACCCAGAUGUUUAGAAACAUCUGGAUAUUUGGGCACCUAACAGCAGCAACAGCUGGAUAAUGGAAUUAAUUUUUCACUCUUUA
....((((..(((.(((((.......((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))........)))))).....))))).))).))))................... (-30.85 = -29.97 +  -0.88)

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

Secondary structure

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