Structure #15070
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr1 |
Strand | - |
Position | 116,082,224 - 116,082,343 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, mouse, rat, dog |
Mean pairwise identity | 83.31 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -34.48 |
Consensus MFE | -25.12 |
Combinations/base pair | 30 / 28 = 1.07 |
SCI | 0.73 |
z-score | -3.74 |
RNA class probability | 0.998004 |
This structure is part of cluster 6111
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 83.31 Mean single sequence MFE: -34.48 Consensus MFE: -25.12 Energy contribution: -26.25 Covariance contribution: 1.12 Mean z-score: -3.74 Structure conservation index: 0.73 SVM decision value: 2.98 SVM RNA-class probability: 0.998004 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr1/116082343-116082224 UGAAAAGUGAAAAAUUAAUUCCAUUAUCCAGCUGUUGCUGCUGUUAAGUGCCAAAAUACCCAGAUAUUUCCAAACAUCUGAGUAUUUGACAGCACGUUUUUACUAUAGAUCCAGAUGUU .....((((((((...............((((....)))).......((((..((((((.(((((.((....)).))))).))))))....)))).))))))))............... ( -25.10) >mm5.chr3/58620689-58620809 UAAAGAGUGAAAAAUUAAUUCCAUUAUCCAGCUGUUACUGCUGUGAGGUGCCCAAAUAUCCAGAUGUUUCUAAACAUCUGGAUAUUUGACAGCAUGUUUCAAACUACACAUCCAGAUGGU ...((..(((((..............((((((.......)))).)).((((.((((((((((((((((....))))))))))))))))...)))).)))))..))...(((....))).. ( -36.20) >rn3.chr2/61144704-61144824 UAAGGAGUGAAAAAUUAAUUCUGUUAUCCAGCUGUUACCGCUGUGAGGUGACCAAAUAUCCAGAUGUUUCUAAACAUCUGGAUAUUUGACAGCAUGUUUCAAACUACACAUCCAGAUGGU ...((((((......((((.(((.....)))..))))..(((((..(....)((((((((((((((((....))))))))))))))))))))).............))).)))....... ( -39.20) >canFam1.chr17/56156325-56156206 UACAAAGGGAAACAUGAAUUCCAUUAUCCAGCUGUUGUUGCUGCUGGUUGCCAAAAUACCCAGAUGUUCCCAAACAUCUGGGUACUUGACAGCAUGUUUUUACCAUAUACCCAGAUGCU ......((((((((((...........(((((.((....)).)))))(((.(((..((((((((((((....)))))))))))).))).)))))))))))..))............... ( -37.40) >consensus UAAAAAGUGAAAAAUUAAUUCCAUUAUCCAGCUGUUACUGCUGUGAGGUGCCAAAAUACCCAGAUGUUUCCAAACAUCUGGAUAUUUGACAGCAUGUUUCAA_CUACACAUCCAGAUGGU ........................((((((((.......))))....((((.((((((((((((((((....))))))))))))))))...))))...................)))).. (-25.12 = -26.25 + 1.12)