Structure #166
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr21 |
Strand | + |
Position | 15,807,295 - 15,807,414 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, dog, mouse, rat |
Mean pairwise identity | 85.63 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -33.6 |
Consensus MFE | -26.9 |
Combinations/base pair | 43 / 37 = 1.16 |
SCI | 0.8 |
z-score | -1.64 |
RNA class probability | 0.705926 |
This structure is part of cluster 63684
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 85.63 Mean single sequence MFE: -33.60 Consensus MFE: -26.90 Energy contribution: -28.77 Covariance contribution: 1.88 Mean z-score: -1.64 Structure conservation index: 0.80 SVM decision value: 0.36 SVM RNA-class probability: 0.705926 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr21/15807295-15807414 UACUUCUGAUCAGAUAUGUAUCUGAAGCCGUUGAGUUUUUAUAUCAGGGAUUGUAUUAUUCUGGCCACCUGGGGAAAUAAGCAGCCAGGAAAAUCUGGCUUGGACUGGGACAAGACUAA .....((((((((((....))))))(((......)))......))))(..((((.((((((.((((((((((............)))))......))))).))).))).))))..)... ( -25.80) >canFam1.chr31/15350692-15350812 UACUGCUGAUCAGAUAUGCAUGUGAAGCCGCCAAACUUUUCAUAUCAAGAAUUGUAUUCUUCUGGCCACCUGGGGAAAUAAGCAGCCAGGAAAAUCUGGCUUGGGCUGGAAGAAGACUAA ............((((((.....((((........)))).)))))).......((.((((((..(((.((...))........((((((......))))))..)))..)))))).))... ( -32.00) >mm5.chr16/77189053-77189172 UAUUUCUGAUCAGAUAUGUGUCUGAGGCAGCCAAGUUUUUAUAUCAGGGAUUGUGUUCUUCUGGCCACCUAGGGAAAUAUGGAGCCAGAAAAAUCUAGCUAAGGCUGGAAGAAGACUAA .((..((((((((((....))))))((...))...........))))..)).((.((((((..(((.((...........))(((.(((....))).)))..)))..)))))).))... ( -37.40) >rn3.chr11/15624373-15624492 UAUUUCUGAUCAGAUAUGUAUCUGAGGCAGCCAAGAUUUUAUAUCAGGGAUUGUGCUCUCCUGGCCACCUAGGGAAAUACAGAGCCAGAAAAAUCUGGCUUUGGCUGGAAGAAGACUAA ..(((((..((((((....))))))..((((((((((.....))).....(((((.(..(((((....)))))..).)))))(((((((....))))))))))))))..)))))..... ( -39.20) >consensus UACUUCUGAUCAGAUAUGUAUCUGAAGCAGCCAAGUUUUU_AUAUCAGGGAUUGUAUUCUUCUGGCCACCUAGGGAAAUAAGCAGCCAGAAAAAUCUGGCUUGGGCUGGAAGAAGACUAA .((((((((((((((....))))))(((......))).......)))))))).((.((((((..(((.((...))........(((((((....)))))))..)))..)))))).))... (-26.90 = -28.77 + 1.88)