Structure #22426
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr1 |
Strand | - |
Position | 216,679,607 - 216,679,686 |
Number of sequences | 5 |
Organisms | human, mouse, rat, dog, chicken |
Mean pairwise identity | 84.79 |
Columns | 80 |
Mean single MFE | -25.96 |
Consensus MFE | -21.14 |
Combinations/base pair | 41 / 30 = 1.37 |
SCI | 0.81 |
z-score | -3.56 |
RNA class probability | 0.999116 |
This structure is part of cluster 10044
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 5 Slice: 1 to 80 Columns: 80 Strand: + Mean pairwise identity: 84.79 Mean single sequence MFE: -25.96 Consensus MFE: -21.14 Energy contribution: -21.30 Covariance contribution: 0.16 Mean z-score: -3.56 Structure conservation index: 0.81 SVM decision value: 3.38 SVM RNA-class probability: 0.999116 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr1/216679686-216679607 GGUAUACAGGAAAAUGACCUAUGAAUUGACAGACAAUAUAGCUGAGUUUGUCUGUCAUUUCUUUAGGCCAAUAUUCUGU .....((((((.(.((.((((.(((.((((((((((...........)))))))))).)))..)))).)).).)))))) ( -27.00) >mm5.chr1/10252049-10252127 GGUGUACAGGAGAAUGACCUAUGAUUUGACAGACCGUGCAGCUGUGUAUGUCUGUCAUUCUGUAGGCCAAUAUUCUGU .....((((((...((.(((((((..((((((((.(((((....))))))))))))).)).))))).))...)))))) ( -28.40) >rn3.chr13/9847150-9847228 GGUGUACAGGACAAUGACCUAUGAUUUGACAGACAGUGUGGCUGCGUGUGUCUGUCAUUCUGUAGGCCAAUAUUCUGU (((.(((((((((........))...((((((((.(..((....))..)))))))))))))))).))).......... ( -25.20) >canFam1.chr38/17893316-17893237 GGUGUACAGGAAAAUGACCUACGAAUUGAUAGACAAUUUGGCUAAGUUUGUCUGUCAUUUUUGUAGGCCAAUAUUCUGU .....((((((.(.((.((((((((.((((((((((.((.....)).))))))))))..)))))))).)).).)))))) ( -28.30) >galGal2.chr3/93503524-93503602 GGUGUCCAGGAAAAUGACCUAUGAAUUGACAGACUGCUUUCAAAAUGUGCCUGUCAUUUCUAUAGGCCAAUAUUCUGU ......(((((.(.((.((((((((.((((((...((...........)))))))).))).))))).)).).))))). ( -20.90) >consensus GGUGUACAGGAAAAUGACCUAUGAAUUGACAGACAGUGUAG_CUGAGUGUGUCUGUCAUUUCUGUAGGCCAAUAUUCUGU .....((((((...((.((((((((.((((((((((((((...))))).))))))))).))).))))).))...)))))) (-21.14 = -21.30 + 0.16)