Structure #23825
Summary
| Genome/Assembly | hg17 |
| Chromosome/Contig | chr10 |
| Strand | - |
| Position | 8,616,167 - 8,616,287 |
| Number of sequences | 5 |
| Organisms | human, dog, mouse, rat, chicken |
| Mean pairwise identity | 83.42 |
| Columns | 120 |
| Mean single MFE | -30.36 |
| Consensus MFE | -21.25 |
| Combinations/base pair | 55 / 40 = 1.38 |
| SCI | 0.7 |
| z-score | -2.45 |
| RNA class probability | 0.945628 |
This structure is part of cluster 10861
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 5 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 83.42 Mean single sequence MFE: -30.36 Consensus MFE: -21.25 Energy contribution: -21.61 Covariance contribution: 0.36 Mean z-score: -2.45 Structure conservation index: 0.70 SVM decision value: 1.33 SVM RNA-class probability: 0.945628 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr10/8616287-8616167 UAUCUGUCCCUUCAUAGUUUAUGGGCUUUAUCUUCAGAAGCCUUUCAGUAAGUGAAACCUAAUAUAGAAAGUGAAUCUCUUCUUCAGGUUCUUUCUGAGGAUUAGGGACGAGAUUUAUUA .((((((((((((((..((((((((((((.......))))))(((((.....))))).....))))))..))))).....((((((((.....))))))))...))))).))))...... ( -35.30) >canFam1.chr2/59457863-59457983 UAUCUGUCCCUUCAUAGUUUAUGAGCUUUAUCUUCAGAAGCCUUUCAGUAAAUGAAACCUGAUACAGAAAGUGAAUCUCUGCUCUAGGUUCUCUCCAAGGAUUAGGGACGAGAUUUAUUA ..(((((....(((..........(((((.......))))).(((((.....)))))..))).))))).((((((((((..((((((.((((.....))))))))))..)))))))))). ( -28.60) >mm5.chr2/172325866-172325986 UAUCUGUCCCUCCAUAGUUUAUGAGCUUUAUCUUCAGAAGCCUUUCAGUAAAUGAAAGCCGAUACAGAAAGCAAAUCUCUUCUUUAGGUCCUCUCUGAGGAUUAGGGACAAGAUUUAUUA .((((((((((.....((((.((.(((((.......)))))((((((.....))))))......))..))))..............(((((((...))))))))))))).))))...... ( -29.50) >rn3.chr17/80557592-80557472 UAUCUGUCCCUCCAUAGUUUAUGAGCUUUAUCUUCAGAAGCCUUUCAGUAAAUGAAACCUGAUACAGAAAGUGAAUCUCUUCUUUAGGUCCUCUCUGAGGAUUAGGGACAAGAUUUAUUA .((((((((((....((((....))))..(((((((((.....((((.....))))((((((...((((((.....)).))))))))))....))))))))).)))))).))))...... ( -30.40) >galGal2.chr1/182525419-182525535 UGUCUGUGCUUGCAUAUUUUAUGAGUUUUAUCUUUGGAAUCCUUUCAGUGAGAGAAACUCAAUAUAGAAAAUCUUUUCUACAAGUCCCUUCUAAGGAUUAAAAGAAGGAUGGAUUU .(((((((((((.........((((((((.((((..(((....)))...))))))))))))...((((((....))))))))))).((((((..........)))))))))))).. ( -28.00) >consensus UAUCUGUCCCUCCAUAGUUUAUGAGCUUUAUCUUCAGAAGCCUUUCAGUAAAUGAAACCUGAUACAGAAAGUGAAUCUCUUCUUUAGGUCCUCUCUGAGGAUUAGGGACAAGAUUUAUUA ..(((((.........(((((((((((((.......)))))...))).)))))..........))))).((((((((((.(((((((.(((((...)))))))))))).)))))))))). (-21.25 = -21.61 + 0.36)
Consensus structure
Secondary structure graph
Montain plot
Dotplot
