Structure #24993

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr10
Strand	+
Position	33,451,076 - 33,451,194
Number of sequences	4
Organisms	human, mouse, rat, dog
Mean pairwise identity	78.18
Columns	120
Mean single MFE	-38.91
Consensus MFE	-29.41
Combinations/base pair	50 / 38 = 1.32
SCI	0.76
z-score	-3.3
RNA class probability	0.99982

This structure is part of cluster 11553

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 4
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  78.18
 Mean single sequence MFE: -38.91
 Consensus MFE: -29.41
 Energy contribution: -32.97
 Covariance contribution:   3.56
 Mean z-score:  -3.30
 Structure conservation index:   0.76
 SVM decision value:   4.16
 SVM RNA-class probability: 0.999820
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr10/33451076-33451194
AAAUGUAAACAGAUGGAGAAAGCGCCAGCGUGGCCGAGUGUAAUACAUUCUAAUGCAGAAGCAUGCUGACACUGUGGGCAAAUGCAGCCGCAUUAAACAACUGUGUUUGCUCAACCCU
........((((.((.....((((((.....))).(((((.....)))))..((((....)))))))..))))))((((((((((((.............))))))))))))...... ( -33.42)
>mm5.chr8/722805-722690
AAAUGUAAACAGAUGGACAAAGUGCCAGCUGCAUGUAAUACAUUCCACUGUAGUAAUACUCUGGUGCUGGCUGGGUAAGCAUAGCUGUAUUAAACAGUAGUGCUUGCUCAGCCCU
....................((..(((((((((.((..........))))))).......))))..))((((((((((((((.(((((.....))))).)))))))))))))).. ( -43.21)
>rn3.chr19/687815-687700
AAAUGUAAACAGAUGGACACAGUGCCAGCUGCAUGUACUACAUUCCACUACAGUAAUAUUCUGGUGCUGGCUGGGUAAGCAUAGCUGUAUUAAACAGUAGUGCUUGCUCAGCCCU
..............((...(((..((((.(((.((((...........))))))).....))))..)))(((((((((((((.(((((.....))))).))))))))))))))). ( -43.50)
>canFam1.chr2/81130770-81130651
AAAUGUAAACAGAUGGAGAAAGCGCCAGCAUGGCCGAGCAUAAUAUAUUCUAAUGCAGUAACAUGCUGACACUGGUGGGGCAAAUGUAGCUGCAUUAAACACUGUGUUUGCUCAGCCCU
...........(.(((.(....).))).)..(((.(((((.((((((...(((((((((.(((((((..((....)).))))..))).))))))))).....))))))))))).))).. ( -35.50)
>consensus
AAAUGUAAACAGAUGGACAAAGCGCCA_____GCCGAAUGUAAUACAUUCCAAUGCAGUAACAUGCUGACACUGGCUGGGCAAACAUAGCUGCAUUAAACAGCAGUGCUUGCUCAGCCCU
....................((((((((((((((.(((((.....)))))....)).....))))))))))))(((((((((((((((((((.......))))))))))))))))))).. (-29.41 = -32.97 +   3.56)

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

Secondary structure

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