Structure #24994
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr10 |
Strand | - |
Position | 33,451,076 - 33,451,194 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, mouse, rat, dog |
Mean pairwise identity | 78.18 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -34.23 |
Consensus MFE | -21.35 |
Combinations/base pair | 45 / 35 = 1.29 |
SCI | 0.62 |
z-score | -2.27 |
RNA class probability | 0.96037 |
This structure is part of cluster 11553
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 78.18 Mean single sequence MFE: -34.23 Consensus MFE: -21.35 Energy contribution: -25.85 Covariance contribution: 4.50 Mean z-score: -2.27 Structure conservation index: 0.62 SVM decision value: 1.50 SVM RNA-class probability: 0.960370 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr10/33451194-33451076 AGGGUUGAGCAAACACAGUUGUUUAAUGCGGCUGCAUUUGCCCACAGUGUCAGCAUGCUUCUGCAUUAGAAUGUAUUACACUCGGCCACGCUGGCGCUUUCUCCAUCUGUUUACAUUU .(((.((.(((((..(((((((.....)))))))..))))).)).(((((((((((((....))))..((.((.....)).))......)))))))))...))).............. ( -35.10) >mm5.chr8/722690-722805 AGGGCUGAGCAAGCACUACUGUUUAAUACAGCUAUGCUUACCCAGCCAGCACCAGAGUAUUACUACAGUGGAAUGUAUUACAUGCAGCUGGCACUUUGUCCAUCUGUUUACAUUU .((((.(((.(((((...((((.....))))...))))).....((((((.(((..(((....)))..)))..(((((...))))))))))).))).)))).............. ( -34.20) >rn3.chr19/687700-687815 AGGGCUGAGCAAGCACUACUGUUUAAUACAGCUAUGCUUACCCAGCCAGCACCAGAAUAUUACUGUAGUGGAAUGUAGUACAUGCAGCUGGCACUGUGUCCAUCUGUUUACAUUU .(((.(((((((((.....(((.....)))))).))))))))).((((((.(((..(((....)))..)))..((((.....))))))))))..((((..(....)..))))... ( -33.50) >canFam1.chr2/81130651-81130770 AGGGCUGAGCAAACACAGUGUUUAAUGCAGCUACAUUUGCCCCACCAGUGUCAGCAUGUUACUGCAUUAGAAUAUAUUAUGCUCGGCCAUGCUGGCGCUUUCUCCAUCUGUUUACAUUU ..(((((((((.........((((((((((..(((..(((..((....))...))))))..))))))))))........)))))))))....(((........)))............. ( -34.13) >consensus AGGGCUGAGCAAACACAACUGUUUAAUACAGCUACACUUACCCAGCCAGCACCAGAAUAUUACUGCAGUAGAAUGUAUUACACGCAGC_____UGGCACUUUCUCCAUCUGUUUACAUUU ..(((((.(((((((.((((((.....)))))).))))))).)))))(((((((((.(((....)))...(((((.....)))))......))))))))).................... (-21.35 = -25.85 + 4.50)