Structure #25701
Summary
| Genome/Assembly | hg17 |
| Chromosome/Contig | chr10 |
| Strand | - |
| Position | 49,624,033 - 49,624,147 |
| Number of sequences | 6 |
| Organisms | human, dog, mouse, rat, zebrafish, fugu |
| Mean pairwise identity | 75.84 |
| Columns | 120 |
| Mean single MFE | -43.15 |
| Consensus MFE | -21.73 |
| Combinations/base pair | 52 / 35 = 1.49 |
| SCI | 0.5 |
| z-score | -1.76 |
| RNA class probability | 0.589871 |
This structure is part of cluster 11959
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 6 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 75.84 Mean single sequence MFE: -43.15 Consensus MFE: -21.73 Energy contribution: -23.65 Covariance contribution: 1.92 Mean z-score: -1.76 Structure conservation index: 0.50 SVM decision value: 0.11 SVM RNA-class probability: 0.589871 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr10/49624147-49624033 GGCUACCUCCUGGGCCACCUGGCGGCCGUUGUGGUGAAGCAGGUACUGCUGGGCCGGAAGGUGGUGGUGCGCUGCGAGAGUGUCAACGUUUCUGACAAUUUCUACAGAAAUAAG ((((.((....))(((....))))))).(((((.....((((((((..((..(((....)))))..)))).))))((((.(((((.......))))).)))))))))....... ( -45.00) >canFam1.chr2/480-596 GGCCAUCUCCUGGGCUGCCUGGCAGCCACUGUAGCCAAACAGGUGCUCUGGGCUGCAAGGUUGUAGUUGUGCACUAUGAGGGCAUCAACAUUUCUGGCAAUUUCUACAGAAACAAG ((((........))))((((.((((((......(((.....)))......)))))).))))....(((((((.((....))))).)))).((((((..........)))))).... ( -38.30) >mm5.chr11/86232670-86232550 GGCCAUCUUCUUGGCCGCCUGGCGGCCAUUGUGGCCAAGCAGGUACUUCUGGGCCGUUAGGUGGUGGUGGUCGUACGCUGUGAAGGCAUCAACAUUUCUGGAAACUUCUACAGAAACAAG (((((((......((((((((((((((......(((.....))).......)))))))))))))))))))))((...((((((((...(((.......)))...)))).))))..))... ( -49.52) >rn3.chr20/41148810-41148693 GGCCAUCUUCUGGGCCGCCUGGCGGCCAUUGUGGCCAAGCAGGUACUGCUGGGCCGAAAGGUGGUGGUUGUACGCUGUGAGGGCAUCAACAUUUCUGGAAAUUUCUACAGAAACAAG .(((((((((..((((((...)))))).....((((.(((((...))))).))))).)))))))).((((...(((.....)))..)))).((((((..........)))))).... ( -46.40) >danRer1.chr17/484-377 GGCCAUCUCCUCGGUCGUCUUUCCGCUAUUGUGGCCAAGCAAGUGCUGUUGGGGUGGUGGUGAGGUGUGAGGGUAUCAACAUCUCUGGAAACUUUUACCGCAACAAA ((((((.....(((........))).....)))))).(((....))).(((..(((((((.(((((((((.....)).))))))).(....)..)))))))..))). ( -37.60) >fr1.chrUn/568-460 GGCCAUCUACUCGGCCGGCUCUCUGCCAUUGUGGCUAAACAGCUUUUGCUGGGGGUGGUGGUGAGAUGUGAAGGCAUCAACAUCUCAGGCAACUUCUACCGCAACAAG ((((........))))(((.....))).((((..((...((((....)))).))(((((((((((((((((.....)).))))))))(....)..))))))).)))). ( -42.10) >consensus GGCCAUCUCCUGGGCCGCCUGGCGGCCAUUGUGGCCAAGCAGGUACUGCUGGGCCG_AAGGUGGUGGUG______CGCUGUGAGGGCAUCAACAUUUCUGGAAACUUCUACAGAAACAAG .((((((.(((.((((((...)))))).....((((.(((((...))))).))))...))).)))))).........((((((((...(((.......)))...)))).))))....... (-21.73 = -23.65 + 1.92)
Consensus structure
Secondary structure graph
Montain plot
Dotplot
